占领热兰遮镇之后，抛石机在镇内的房屋后面架设，越过房顶，向搁浅的荷兰船抛射火罐。荷兰人想要反击，可是中间隔着四五栋房子，他们的大炮毫无做为。
荷兰人看到火罐的落点越来越接近他们的船，于是不敢在坚持，全都匆匆跳到了海里，远远的向热兰遮城绕行。还好他们走的及时，要是再迟上一个时辰，他们就进不了热兰遮城了。
大梁这边监视到荷兰人从船上逃走，于是派出十几人去接收船只。虽然这艘商船没有什么特别的，可是能缴获一艘也是好的。士兵们上船之后就仔细搜索，一个是看有没有隐藏的敌人，再就是找到火药仓，万一要是敌人大举来反攻，他们要在撤退之前把船炸毁，不能让敌人重新把这艘船再抢回去。毕竟这里只有他们十几人，其他人都已经开始在热兰遮城东、西、南三面挖掘沟壕，要彻底将荷兰人困死在堡垒里。
正是这个使命，让他们躲过了一劫。荷兰人在走的时候点燃了火药仓的引线，准备把上船的大梁士兵全部炸死，不过他们留出的引线太长了，被大梁士兵及时熄灭。
其实荷兰人一直想要用这种引爆炸药的办法来杀伤大梁的军队，可惜都没有成功。北线尾堡垒是由于士兵没有同归于尽的决心，而热兰遮城南边高丘上的乌特勒支堡，也是由于引线太长，还没有爆炸就被大梁官兵发现了。这也提高的大梁官兵的警惕性，不论到哪里，都会首先搜寻火药库，后来还开始饲养军犬，以帮助寻找隐藏的敌人和危险。
大梁这边挖掘沟壕并不容易，为了减小荷兰人榴弹和开花弹的杀伤，他们先是在距离城堡三百步之外开始挖掘之字形沟壕，等前进到距离两百步之后再挖掘围城沟壕。因为荷兰人的箭头状堡垒是有角度的，不能直接正面轰击，只能从侧面攻击，这样就需要更接近城堡。
而这样也进入了荷兰人的大炮射程，不论是大炮发射的榴弹，还是臼炮抛射的开花弹，都能对他们形成杀伤。因此大梁的沟壕要做的坚固，壁垒要厚实，还要防备侧方的打击和偷袭。在水道的东西两边，都有船只在封锁出入口，确保荷兰人不能逃出去，与外界发生联系甚至获得给养。荷兰人彻底被困在了热兰遮城中。
三天之后，魏诚带着两百多士兵还有给养来到了台湾。后续的运输只能依靠水师的轮浆船，所以运量有限，来的兵力和给养都不多。同时又运回去一部分荷兰高阶俘虏和俘获的武器，以供大梁审问和研究。
魏诚接手指挥之后，也是按部就班的运用现有兵力，继续挖掘沟壕的作业。虽然有些地方已经构筑好了炮位，可是他们的实心弹不足，为了能够一鼓作气的将敌人的城堡攻破，他们没有盲目的开始攻击，而是要求后续的运输多运弹药和火箭弹。
而对于台湾本岛，也只是固守赤崁城，没有对其他地方进行探索。就是散落在乡村中的荷兰人被当地生番砍了脑袋来示好，也不过给些银钱货物而已，并没有深入交流。因此此时的台湾本岛上，各生番部落都普遍进行着猎人头的狂欢，猎物则是之前的殖民者——荷兰人。
经过一个多月的运输之后，台湾终于有了两千五百士兵，外加足够的弹药和补给。正当魏诚准备开始发起攻击的时候，水师却突然发现有荷兰船过来。而此时他们只有两艘战舰在台湾，一艘在大员湾外巡航，另一艘在大员湾内，其他几艘都是小船，装着小弗朗基炮和抛石机，只能阻挡荷兰人的小艇而已。
好在来的荷兰船只有三艘，虽然是武装船只，可是毕竟是商船，没有那么多的火炮。而且在两艘轮浆战舰的打击下，这些船也无法靠近热兰遮城，只好乘风南下，去他们的大本营巴达维亚了。
后来从俘虏那里得知，这三艘船是从日本过来的。之前逃跑的荷兰人居然穿越台湾南北，到达了北部的基隆港，把中国攻击台湾的消息送到日本。可惜在日本的荷兰人也力量有限，无法解救他们的同胞。
在大梁的士兵们挖围困沟壕的时期，荷兰人也发动过几次反击，想要把大梁的士兵赶得远些。可是对于偷袭夜袭，大梁的部队有丰富的防御经验。即便是没有这种实战经验的官兵，他们也早就被教授了其他部队的经验教训，即使初期有些慌乱，但很快就能用正确的办法将敌人击退。
十一月十六，攻击正式开始。虽然热兰遮城不大。可是魏诚动用的炮兵部队可是不少，六门五寸大炮专门对付南侧的两个箭堡，另外六门四寸大炮，则是对付西边下城的两座箭堡。还有十二门三寸炮用来对付城墙上的垛口，让荷兰人不能轻松的瞄准还击。
由于荷兰人在建设堡垒的时候不惜工本，外墙用了很坚硬的石块儿，所以即便是用五寸大炮，也轰击了三天才把堡垒的箭堡给打塌。之后五寸炮转移阵地，用来轰击热兰遮城的南侧城墙，而三寸炮则负责扫荡已经倒塌的箭堡。因为荷兰人很顽强，他们不想束手就擒，不断的试图在坍塌的堡垒上重建掩体和炮位。
在南侧城墙被轰开缺口之前，热兰遮城中的台湾总督欧沃德决定投降。虽然城中不缺食物和武器弹药，可是作为最后屏障的热兰遮城都要被攻破了，他们也没有坚持下去的勇气了。而且巴达维亚的救援队伍至少还要两个月才能过来，城中的一千多荷兰人就算是全部参与战斗，也坚持不了那么长的时间。所