另一方面，加入舰队的各种舰船也都有了显著增加。到1588年4月底为止，编入无敌舰队的各种大小舰船已达13o艘。
6续到达里斯本集结的船只都在忙于维修和保养。无敌舰队差不多所有的乘员都用盔甲、长矛和火枪装备起来了。炮弹的补充也比较顺利，每门大炮配备5o枚炮弹，当然这个数目并不很多，但已大大过圣克鲁斯当初所要求的3o枚之数。同时根据意大利炮术专家的建议，又比原来增加了一倍半。
西多尼亚成功地说服了腓力二世推迟出日期，为舰队的加强和保养时间，因此得到舰队内部日益加深的信赖。但是，无论他如何努力，仍然解决不了食粮和船员不足十分严重的问题。这个问题得不到改善，而且越来越恶化了。尽管存在着种种缺陷和重重困难，但再也不能无视腓力二世再三下达的起航令了。
1588年4月25日西多尼亚陪同腓力二世的代理总督来到里斯本大教堂。大主教宣读了祈祷文，祈祷无敌舰队这次远征大业一举成功。
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