最后，无敌舰队只有65艘船返回了西班牙。幸存者中的大多数人都患上了严重的坏血病和营养不良，很多人在踏上西班牙6地后不久即一病不起。
但是西班牙却从失败中学到教训，在西班牙珍宝船队配备长重炮，有效反抗英国海盗船的劫掠。
第二年，英国也组织了类似的大规模远征行动，即科伦纳?里斯本远征，但确是不成功的，给英国经济造成严重的损失和人员及舰船的惨重损失
16世纪中叶，西班牙正处于鼎盛时代，到1556年腓力二世继承西班牙王位时，其领地不但遍及西欧，而且还囊括了加勒比海上的众多岛屿。在墨西哥、秘鲁和智力广阔土地上也飘扬着西班牙的旗帜。太平洋更成为了西班牙人的内海，他们的运宝帆船可以再瓦尔帕莱索到巴拿马之间的海域放心地航行。
当158o年葡萄牙王室绝嗣后，腓力二世又作为理论上的唯一合法继承人加冕为葡萄牙国王。
伊比利亚半岛成为了一个国家，葡萄牙人在大西洋中部、非洲沿岸、波斯湾、印度与东南亚的一连串殖民商站也成为了西班牙的囊中之物。当时的西班牙几乎可以看做是十六世纪的“日不落帝国”。
但是，其他欧洲国家也在虎视眈眈地觊觎着西班牙人从“新世界”所获得的巨大利益。从1555年法国胡格诺教徒洗劫了古巴的哈瓦那并一度在弗罗里达海岸建立了殖民据点开始，越来越多的欧洲冒险家出现在原本西班牙的势力范围之内。作为一个不断上升的民族国家，英格兰的注意力也开始越来越多地投向海外。从1497年卡伯特兄弟现纽芬兰开始，英国的海上探险也拉开了序幕。当约翰?霍金斯和法兰西斯?德雷克以三角贸易方式渗透进入西属美洲时，西班牙殖民政府开始将英国人看作其在美洲垄断经营的一个不可容忍的威胁。
1568年，在圣胡安德乌卢阿，霍金斯船队遭到了西班牙舰队的突然袭击，只有少数人乘船逃脱。至此，英西双方的冲突正式开始公开化，他们互相试探对方的底线。1585年荷兰军队在西班牙弗兰德斯军团的打击下节节败退之时，伊丽莎白一世同荷兰人签署了农萨奇条约，并承诺为后者提供军事和财政支援。这标志着英西双方进入了“官方”的敌对状态。由于前苏格兰女王玛丽反对伊丽莎白的密谋“证据确凿”，伊丽莎白在1587年2月下诏将其斩。这个事件使腓力二世获得了一个极好的借口。当西班牙外交使团在伦敦大放和平烟雾的同时，由西班牙老将圣克鲁兹侯爵担任司令的无敌舰队筹备工作也正在里斯本紧张进行中，一场大战不可避免。
1588年2月9日圣克鲁斯在里斯本猝然死去，终年62年。圣克鲁斯是勒班陀海战的英雄，从葡萄牙人手中夺回大西洋要冲亚尔群岛的特塞拉海战的胜利者，赫赫有名的无敌舰队总司令。西班牙国民惊悉他的噩耗，无不表示深深地悼念和悲叹。
圣克鲁斯一死，腓力二世立即任命安达卢西亚地方总督，比圣克鲁斯年轻24岁、年仅38岁的西多尼亚接任无敌舰队总司令的要职。西多尼亚出身于名门贵族，是一个德高望重的优秀行政长官，曾屡次出色地完成了为无敌舰队补充物资和征兵的任务。
西多尼亚长途跋涉来到里斯本。他所面临俄现实是令人难以置信的、一片惊人的混乱。圣克鲁斯暴卒以来，里斯本港内舰队的管理完全陷入了无政府状态，缺乏具备权威和自信、能解决这种混乱状态的领导者。
因此，扭转这种混乱，使准备工作步入正轨，乃是西多尼亚必须解决的紧急课题。然后他启用了几位私人幕僚。其中一位是为东印度航路护航的卡斯蒂利亚加里昂舰队司令迪戈?弗洛雷斯?德?瓦尔德斯，他还是潮汐和海流方面的专家，曾参与加里昂船设计工作，是很有才干的人物。
另外还任命船员出身、经验丰富而且德高望重的迪戈?德?马尔多纳多和马罗林?德胡安两人为参谋。又从重炮兵指挥官中借用意大利炮术专家任炮术参谋。西多尼亚同三位可靠面得力的助手一起，踏踏实实地克服了重重困难，使舰队的起航准备工作顺利地进行着。
过去以地中海为舞台的西班牙舰队的战舰，均以加里船之间接舷肉搏战为主，所以，西班牙舰队舰载大炮的配备要比英格兰舰队落后的多。为此，圣克鲁斯曾写信给国王，强调准备大型火炮的必要性，加之军事会议也要求国王提供筹措大炮的资金，终于这个要求得到腓力二世的批准。
铸造大炮在当时是一门十分困难复杂的技术，而大多数优秀的铸炮工匠都在英格兰国内。同时，大炮的价格非常高昂，特别是作为炮身材料比铸铁优异地多的青铜，更为贵重，能制造长炮身的卡巴林炮的设备甚少。
因此，虽说由西多尼亚的努力