山本五十六这次的目标就是中途岛，这中途岛是南太平洋地区的一个面积只有4.7平方公里的小岛，但是这个岛的地理位置极为特殊，该岛距美国旧金山和日本横滨均为2 海里，处于亚洲和北美之间的太平洋航线的中途，故名中途岛。
另外它距珍珠港1135海里，是美国在中太平洋地区的重要军事基地和交通枢纽，也是美军在夏威夷的门户和前哨阵地。中途岛一但失守，美太平洋舰队的大本营珍珠港也将唇亡齿寒。
中途岛特殊的地理位置决定了它战略地位的重要性，作为日本联合舰队的司令官，山本五十六早就盯上了这个重要的战略要地。
山本五十六不仅是一个很出色的战术家，同时还是一个很优秀的战略家。在太平洋战争爆发的前几个月里，随着日本军队屡创佳绩，被战争狂热煽动起来的日本国民的情绪也变得疯狂起来，每有捷报传来，大批的日本民众就排着长队，挥舞着纸制太阳旗，涌到皇宫门前举行祝捷大会。
然而，在这些热闹欢腾的背后，作为日本海军联合舰队司令山本五十六大将总显得心事重重。在日军偷袭珍珠港之时，山本就曾冷静而清醒地指出，日本只是唤醒了一个巨人，一旦这个巨人彻底苏醒，大日本帝国将会面临灭顶之灾。因此必须在巨人尚未起身之前，完成袭击珍珠港未竟之事业，彻底击毁美太平洋舰队。
因此，山本竭力赞成联合舰队参谋长宇垣少将提出的进攻中途岛的计划，认为若能占领该岛，则既可将该岛作为日机空中巡逻的前进基地，威逼夏威夷，又可诱出美舰队，在决战中予以歼灭。同时还可以报美国空军空袭东京的一箭之仇，打开夏威夷群岛的大门。
消灭美军太平洋舰队是日本方面既定的战略决策，偷袭珍珠港就是为了完成这一战略决策，但是由于当时美军全部的航母都神秘离港，所以导致日本方面未能一举将太平洋舰队消灭。
时至今日，美国强大的工业生产能力开始显露出其巨大的战争潜力，距离珍珠港事件爆发不到一年的时间，美国就对太平洋舰队补充了二十多艘大小战舰，加上幸存下来的几艘大型航母，美国在太平洋上的海军力量已经不容小觑。
上个月美军轰炸机空袭东京这给日本方面一个极其强烈的信号，如果不将美军太平洋舰队打掉，总有一天这支美军舰队会带着铺天盖地的舰载机登陆日本本土。
山本五十六为了达到将美国太平洋舰队残余的军舰引到中途岛一举歼灭的战略目的，指挥联合舰队几乎倾巢而出，投入大半兵力。为了达到牵制美国海军的战略目的，山本五十六决定对远离阿拉斯加、由美国控制的阿留申群岛进行了牵制性进攻，先派遣一支舰队进攻阿留申群岛，在该群岛的阿图岛、基斯卡岛登陆，以此为诱饵，将美军舰队的注意力引到北面去，然后以主力舰队趁机夺占中途岛。