山本五十六是一个比较心细的指挥官，之前日本海军舰队在珊瑚海遭到中国海军以及美国海军离奇的拦截和伏击，山本敏锐的意识到海军的通讯可能出现了问题，最有可能的是密码被中美两国掌握了，因此在宣布作战计划前的几天内同意更换了海军密码。
山本的这样一个小举动，直接打乱了中美两国海军的部署。日本海军这段时间频频调动，这一点中美两国是看在眼里的，陈绍宽和尼米兹都认为日本海军将会有大动作，因此都责成情报部门加大对日本海军监视的力度，力求不能放过任何一点蛛丝马迹。
然而情报部门却没有任何收获，接收到的都是一些杂乱无用的东西，后来更是连这些东西都收不到了，情报部门判断日本海军很可能在近期更换了密码。
突然间失去了对日本海军的件事，这让陈绍宽和尼米兹都很着急，但是破解密码工作可不是一天两天的事情，然而日本海军的行动却不会因此而有任何改变，无奈之下中美两国的海军只得频频派出侦察机留意日本海军的动向。
4月29日，美国海军的侦察机发现一支由三十多艘军舰和运兵船组成的舰队正向东北方向开进，随即将情报上报到了太平洋舰队的指挥中心。
尼米兹上将接到情报之后随即派出更多的侦察飞机对这支意图不明的日本舰队进行严密的监视，随着大量的情报传回指挥中心，美军方面发现这支日本海军舰队是由2艘大型航母以及29艘其他作战舰艇组成，其目标很可能是美国的阿留申群岛。这下尼米兹不淡定了，随即派出太平洋舰队的主力紧急前往阿留申群岛拦截，至此中途岛战役已经彻底偏离了原来的轨迹。
历史上的中途岛海战日本依然是使用这种牵制战术，但是由于日本名方面并没有及时更换密码本，所以导致美国成功破译日本密码，并没有派部队增援阿留申群岛，放任日本海军占领哪里。
而美国太平洋舰队的主力则是在中途岛埋伏。等待日本海军上钩，从而以逸待劳，在中途岛附近伏击了日本机动舰队。最终以沉没一艘航空母舰约克镇号为代价，取得了一举击沉日本主力航空母舰四艘、巡洋舰一艘的决定性胜利，从而彻底挫败了日本在中太平洋的攻势，从此中太平洋地区的战役主动权易手。
但是现在由于山本五十六的不经意间的一个小举动，美国方面之前在情报上的优势消失了，虽然美国海军情报局在与英国以及荷兰相关单位紧密的合作下，成功拦截到了日本海军主要通讯系统jn-25的部分波段讯号。并且让联军得悉‘af方位’将会是日本海军的下一个攻击目标，然而联军就偏偏破解不到‘af方位’的位置。
关于这个af方位到底指的是哪个地方。联军中存在分歧比较大。一些美军的高层将领认为‘af方位’便是中途岛。另外一些则认为是阿留申群岛。然而任凭联军解码科技多么的先进，也仍然无法破解‘af方位’的正确位置。
这个时候侦察机侦察到的情报成功诱导了美国海军的视线，尼米兹上将犹豫再三之后还是将太平洋舰队的主力调到了阿留申，只留下很少的部队守卫中途岛。
中国海军同样如此。日本海军临时更换密码本也让中国海军很是无奈，但日本海军调动频频绝对不是走过场的，肯定是有大动作，因此陈绍宽一边将消息上报军委会，一边频频派出飞机在南洋领周围海域侦察，以防遭到日本海军的突然被袭击。
然而就在盟军各方都搞不清楚日本想要干什么的时候，日本海军的行动开始了。
5月1日，日本海军中将细萱戍子郎率北方编队对阿留申群岛的荷兰港海军基地发起突击，阿留申群岛登陆战由此开始。不过由于美军已经得知日本海军打算突袭阿拉斯加群岛。所以守岛的部队已经做好了战斗准备，双方激战半天，日军始终未能如愿登陆。
第二日，日军再次突击，并且排除了八十多架轰炸机对守军部队进行狂轰滥炸。使岸防设施遭到严重破坏。
5月3日，日军登陆兵在基斯卡和阿图岛先后登陆，守军虽然做了激烈的抵抗，但是在日军庞大的冰里面钱都是徒劳的，在天黑之前日军终于彻底占领了两岛。
但是还未等日本人回过神来，美国海军的航空母舰企业号、大黄蜂号以及约克镇号以及其他六十多艘大型战舰便到了交战海域，随即便投入了战斗。
得知太平洋舰队的主力已经到了阿留申群岛，山本五十六大喜，立即命令夺取中途岛的主力编队、机动编队、中途岛登陆编队立即出发，前往中途岛。
为了一举定乾坤，山本五十六这次是下了血本，联合舰队精锐倾巢而出。派往阿留申群岛的北方编队共出动了航空母舰2艘，搭载舰载机82架，水上飞机母舰1艘，水上飞机10架，重巡洋舰3艘，轻巡洋舰3艘，驱逐舰12艘，潜艇6艘，扫雷舰5艘，运输舰3艘，补给舰3艘由海军中将细萱戍子郎担任指挥官。
派往中途岛的主力编队有航空母舰1艘，水上飞机母舰2艘，舰载机19架，水上飞机50架，战列舰7艘，轻巡洋舰3艘，驱逐舰21艘，补给舰4艘，由山本五十六亲自担任主力编队总指挥官。
机动编队有航空母舰4艘，舰载机266架，战列舰2艘，重巡洋舰2艘，轻巡洋舰1艘，驱逐舰12艘，补给舰5艘，司令官由南云忠一中将担任。
中途岛登陆编队有航