顾秉谦也说没有圣旨私自离开防守的地方，不合法度。于是朱由校连夜召见兵部尚书，派三人骑快马阻止孙承宗。
魏忠贤又假传圣旨给九门的宦官，若孙承宗到了齐化门，就将他绑了。
孙承宗到达通州后，接到朱由校的旨意，只好返回辽东。魏忠贤又让党羽李蕃、崔呈秀、徐大化上书诋毁孙承宗，孙承宗于是请求罢官。
只不过天启皇帝没允许，魏忠贤的策略没有奏效，但是孙承宗在辽东，魏忠贤就在天启皇帝身边，加上天启皇帝的身体状况堪忧，魏忠贤能够做很多的手脚。
天启五年，马世龙误信降人降将刘伯漒，派鲁之甲、李承先袭取耀州，中计身死，损失四百余人。
于是魏忠贤党羽趁机弹劾马世龙和孙承宗，孙承宗于是强烈请求辞官，十月，天启皇帝同意孙承宗辞官，并给孙承宗加特进光禄大夫，儿子世袭中书舍人，又赏赐蟒服、银币等，并派人保护孙承宗回家。
在崇祯皇帝看来，孙承宗当时辞官，只不过为了表明自己的态度。
魏忠贤却鼓动天启皇帝答应了下来，让孙承宗结束了四年的督师生涯。要知道当时孙承宗已经准备出师平辽了，宁远城修复，关外的守备器械也已建造完毕。
孙承宗上书朱由校请求发军饷二十四万，这样就可以大举进攻了，但兵部和工部却横加阻挠，向朱由校进谗不能给钱，孙承宗上书催促无果，孙承宗大军因此没有出征。
这里面充满了魏忠贤的影子，他担心，他害怕，一旦孙承宗平定了辽东，朝堂之上还有谁能够和孙承宗争权？孙承宗也一定是誉满天下，魏忠贤怎么敢让孙承宗平辽。
这样的情况下，魏忠贤想尽各种办法将孙承宗调离辽东。
其实孙承宗索要不过二十四万军饷，朝廷怎么可能拿不出来？
因为这件事情，孙承宗怕也是心灰意冷，这才动了辞官的念头，或者说用辞官来做最后一搏，只不过这最后一搏失败了。
东林党曾经也想托庇于孙承宗旗下，只不过孙承宗并不擅长党争和争权夺利，当然也有魏忠贤篡权的原因，孙承宗只能在自己最想施展抱负的时候，黯然收场，最后悲壮的战死。
虽然崇祯皇度软禁了魏忠贤，没有杀他，可是崇祯皇帝也知道，魏忠贤做了些事情，但是坏事也没少做。
或者说这就是当时党争的环境，党争高于一切，非彼即此，至于国家兴亡，百姓死活，全都不在考虑的范围之内。朝堂上就是你争我夺，你赞成的我反对，你反对的，我赞成，无分是非，无论对错。
穿越过来之后，崇祯皇帝对魏忠贤的态度是很单纯的，那就是杀或者不杀。
从来没有想过重用魏忠贤，一来是一朝天子一朝臣，新皇帝要收拢权力，绕不过的就是魏忠贤。二来也是因为魏忠贤的人品，说实话，崇祯皇帝对魏忠贤并没有那么信任。
毕竟他曾经试图给崇祯皇帝下药，还要给崇祯皇帝安排美女，试图腐蚀崇祯皇帝，将崇祯皇帝当做傀儡。
对于孙承宗，崇祯皇帝却没有这种想法，最多也就是对孙承宗策略的不赞同，但是对于孙承宗的人品，崇祯皇帝重来没怀疑过，至于孙承宗对大明的忠心，崇祯皇帝更加没有怀疑过。
这也是在得知孙承宗在京城，崇祯皇帝第一时间要见孙承宗的原因。
对于这位天启皇帝的老师，崇祯皇帝真的很想见一见，听一听他对大明现状的看法。
在见到王承恩的时候，孙承宗也很诧异，崇祯皇帝宣自己入宫？不会宣袁崇焕？自己没听错？确认了自后，孙承宗心里也有些迟疑，这个时候圣上召自己进宫，所谓何事？
虽然心里迟疑，但是行动上却时不敢耽搁，跟着王承恩就进了宫。
来到乾清宫，孙承宗就见到一个年轻人坐在龙椅上，身上穿着龙袍，似乎在看奏折，眉头皱着，好像被难住了的样子。
撩起衣服跪倒在地，孙承宗开口说道：“臣孙承宗参加圣上，吾皇万岁万岁万万岁！”
崇祯皇帝抬起头，见到孙承宗跪在地上，连忙起身，快步的从龙椅上下来，双手将孙承宗搀扶了起来，笑着说道：“爱卿快快请起！”说着还对一边的王承恩吩咐道：“以后孙爱卿进宫勉通报，免跪拜礼！”
“奴婢记下来！”王承恩连忙答道，看了一眼孙承宗，这还是崇祯皇帝第一如此看重的大臣。
伸手拉住孙承宗，崇祯皇帝笑着说道：“爱卿是先皇的老师，自然也是朕的老师，原本朕也不知道孙爱卿在京城，早知道爱卿在京城，朕早就将爱卿找来了。”
说实话，孙承宗有一种受宠若惊的感觉，在看向崇祯皇帝，突然有一种恍惚的感觉。
虽然不是同一张脸，但是这个拉着自己的胳膊的动作好熟悉，以前天启皇帝就是如此。想到自己那个对自己尊敬有加的学生，孙承宗不禁有些唏嘘。
对天启皇帝重用魏忠贤，很多地方不支持自己，孙承宗对天启皇帝有些不满，但是对于自己这个老师，天启皇帝是绝对的尊重。孙承宗不禁想起了天启皇帝的音容笑貌，再看崇祯皇帝的时候，目光就柔和了很多。
崇祯皇帝自然不知道自己得到了大哥的遗泽，拉着孙承宗向暖阁走去。
来到暖阁，崇祯皇帝坐下，对身边的王承恩说道：“赐座，给孙爱卿搬一把椅子来！”
磅承恩都以为自己听错了，圣上赐座