天启皇帝记孙承宗大功，让他的儿子世袭锦衣卫千户。
崇祯皇帝一直对孙承宗不以为然，原因是到了后期，孙承宗对东林党的口号看的很清楚，提出了很多否定意见，结果不想而知，崇祯皇帝全都拒绝了。
最著名的就是崇祯四年，孙承宗当时还在辽东，对崇祯皇帝也没有死心。
根据他多年的治辽经验，孙承宗又上书边关政务共计十六件事，但崇祯皇帝见书后却不采纳。孙承宗于是在高阳城居住七年，朱由检屡次召用，孙承宗全都拒绝。
从这件事情之后，孙承宗对崇祯皇帝和朝廷完全丧失了信心，至于最后战死，为了自己的名节，也为了自己心中的那种坚持，所以现在的崇祯皇帝一直觉得孙承宗死得凄凉，死的憋屈。
其实崇祯皇帝看重孙承宗还有一个原因，那就是孙承宗会治军，能练兵。
孙承宗遗留的军事著作有车营扣答合编》，这是他在督师蓟辽，经营辽西防务时，筹划反攻辽东与其属下讨论军事问题的记录整理而成的。
全书共一百零八个问答，由《车营总说》、《车营百八扣》、《车营百八答》和《车营百八说》等四部分组成，通过问、答、说、图等对车营编组方法、营阵布列、行军作战、后勤保障等问题，作了详细的分析和解说。在作战指导思想上，很重视发挥火器的作用与各兵种的协同动作。如说：“用车在用火”，“用火在叠阵”。所谓“用火”即是发扬火力，所谓叠阵即步、骑、炮重叠配置，彼此协同，长短相补。
战斗队形也要因地制宜，灵活机动地使用方、圆、曲、直、锐等各种队形，向人们展示了火器和冷兵器并用时代，步、骑、炮等诸兵种协同作战的雏形，在军事思想发展史上，具有重要的史料价值。
《车营百八答》则多出自赞画鹿善继、副总兵官茅元仪等人之手。当时由于保密，未能全部刊行。
崇祯皇帝对这一点很看重，自己想要练兵，没有一个会练兵的人是不行的。
崇祯皇帝心中的第一人选就是孙承宗，无论他的其他想法如何，单单是练兵一点，整个大明恐怕没人能够和他比肩。
以徐光启研发火器，用孙承宗来练兵，崇祯皇帝觉的是非常合理的安排。
原本以为孙承宗在老家，没想到他就在京城，崇祯皇帝立马动了心思，看了一眼身边的王承恩，直接吩咐道：“王承恩，宣孙承宗进宫，你亲自去，明白吗？”
“奴婢明白！”王承恩答应了一声，带着人就向外走了出去。
崇祯皇帝在大殿里面走了来回，深深的舒了一口气，孙承宗被打压，其实也有党争的原因。
身为天启皇帝的老师，孙承宗可以说位高权重，人脉极广，在魏忠贤当权时代，魏忠贤也没能将孙承宗怎么样。
当时魏忠贤企图扩张权利，见到孙承宗功劳非常高，想要攀附，于是派刘应坤向孙承宗表明自己的意思。但孙承宗见到刘应坤之后与他一句话也不说，魏忠贤因此记恨孙承宗。
魏忠贤迫害朝中大臣，将杨涟、赵南星、高攀龙等驱逐出京，孙承宗正在巡视蓟州一带，想到上反对奏书皇上未必会亲自阅览，于是以贺寿为由请求入朝面奏，借机弹劾魏忠贤。魏广微听说后将这个消息告诉了魏忠贤，说孙承宗打算以清君侧为由杀掉魏忠贤，魏忠贤于是跑到皇帝朱由校床前，哭着求情。