城门剧烈的爆炸声传来时，郑芝龙就知道卫城守不住了，当机立断，叫上统太郎和其手下掩护自己逃跑。他并没有回衙署——这样只会是自投罗网，城破之后，琼州营肯定第一时间就来搜索衙署——而是绕道衙署直奔与被攻破的东门相反方向的西门，途中，他叫过手下命令放火烧城。
留在城内的守军接到命令之后仓促点燃了火把到处抛掷，很快就把所城的衙署和仓廪都点着了，接着又烧了几栋民居，便仓皇逃走了。因为事先并无烧城的打算，城内没有积聚柴禾清油之类，所以火势并不大。只是郑芝龙历来把所城当做老巢在经营，仓廪中堆积了大量的糖、布匹、丝绸之类的易燃品，很快就形成了火势。
如果是商行总管刘全在场，肯定会捶胸顿足不已，因为攻下所城后，这里的东西都是琼州营的战利品，说是金山银山粮山丝山也不为过，就这么付之一炬太可惜了。
溃兵们眼见败了，乘势在城内肆意抢劫女干淫起来。中左所城刚破，城内已经是一片混乱，哭声震天了。
黄汉生带人前往衙署的过程中，预料中的巷战并没有发生，城内的郑军早已崩溃，留在城内的都是想借机烧杀女干淫的的散兵游勇。一见髡贼已经入城，一个个赶紧裹着抢来的细软匆忙逃走。
黄汉生并没有管这些人，气势汹汹直奔目的地所城衙署。街道上渺无人迹，只有横七竖八的百姓的尸体和散乱的细软。城里不少地方已经起了火，烟雾弥漫。偶尔有几个鬼影般的身影从街头巷尾一闪而过。第一营很快就到了衙署。
中左所衙署大堂上已经空无一人，各种仪仗礼器散乱不堪。部分房屋已经起了火。黄汉生下令士兵四处搜索，却没有发现郑芝龙的踪迹。
这时魏连横带领第二营也赶到了，他简单询问了黄汉生搜查的情况后，断定郑芝龙直接逃了，而且方向一定是西门。
“所城南面临海，北面靠山，咱们是从东门攻入，他不可能自寻死路，所以只有往西门逃了。”
黄汉生看了看四周燃烧的火势，稍微迟疑了下，“据说所城金银和生丝、蔗糖等值钱的货物堆积如山，将军肯定也不希望这里被烧个干干净净……”
魏连横明白他的意思，郑芝龙要杀，所城的战利品最好也保住，琼州营需要这些财货。他略一思索，建议道：“不如咱们兵分两路，你去追郑芝龙，我留下收拾残局。”
黄汉生点点头：“如此甚好。”便点齐人马奔西门而去。
魏连横一面拨出部分士兵赶赴所城各处剿杀溃兵，一面命人四处喊话：“城内各甲甲长即刻到衙署报到，半个时辰不到者即屠全甲！”
在第二营的士兵的震慑下，作恶的溃兵不是被击杀，就是作鸟兽散，城内秩序慢慢恢复。听到了屠杀的威胁后，躲在家里的甲长知道没有别的选择，都愁眉苦脸的聚集到所城衙署里来了。
魏连横冷冷地训话：“废话不多说，你们组织灭火，我就保证你们的安全，敢有阳奉阴违或者哄抢财物者，抓到一人，全甲人连坐，杀无赦！”
甲长们打了个哆嗦，畏畏缩缩答应下来。
城内起火地虽多，但是火头都不大，各甲组织百姓扑救之后，火势很快就得到了控制。琼州营士兵们持枪站立在仓廪周围，一方面监视百姓们在扑火的过程中是否偷捡财物，一方面防备漏网的溃兵袭扰。
只是最早点燃的两间仓廪火势大了些，也烧得差不多了，没有抢救的价值了。里面的蔗糖、生丝、丝绸和各种杂货，都陷入了火海，糖烧燃烧时的香甜味、生丝的焦臭混合在一起，令人作呕，整包整包的瓷器也在火海中劈啪爆裂开。
“可惜了。”魏连横摇了摇头，心想郑芝龙还真有些枭雄本色，眼见事不可为，没跟个老抠儿似的抱着金山银海的所城不撒手，付之一炬眼都不眨，真下得了手。
黄汉生认准追击的方向后，带领第一营心无旁骛地全力追击，出了西门后很快在沿海的路边发现了被日本人簇拥的郑芝龙踪迹。
黄汉生虽然在衙署扑空浪费了些许时间，但是郑芝龙一路逃窜的过程中不时要甩掉跟随上来的溃兵——这些人现在不仅没有抵抗的勇气，还会成为自己的累赘——也花了不少功夫，结果还是被追上了。郑芝龙不甘地想，只要再给自己半个时辰，到达鼓浪屿，从海路逃走，琼州营就再也没法抓住自己了。
统太郎知道对手厉害，如无得力敢死的将领在后充当殿军“人柱”很容易被敌人追上讨取大将首级。当即叫来一个得力的手下，命他带五十名士兵充当殿军，其他人护卫郑芝龙继续往前。
击杀郑芝龙的功劳就在眼前，黄汉生眼中散发出了狂热，奔跑中下令：“全体都有，放弃射击，上刺刀，郑芝龙不死不准停下！”敌人显然打得是丢卒保车的主意，停下装弹射击就会给郑芝龙逃跑的时间，只有直接刺刀冲锋了。
第一营的将士们闻言嗷嗷叫着端起刺刀冲了上来。五十名日本人眨眼间就被人潮淹没，扎成了刺猬，甚至不能阻挡片刻。
“这天杀的琼州营！”郑芝龙回头看到这一幕，无意中放慢了脚步，暗暗咒骂，没想到琼州营海战厉害、火器犀利，就连近战也如此勇猛，简直是全方位地超越郑家，自己怎么和这伙人斗？
统太郎过来架起郑芝龙就跑：“将军，赶紧跑，不到最后关头，不要放弃！