杨述中认为既然打下了大方，消灭了他们的主力部队，只要设置郡县流官，以王化教之，自然就能将水西一地治理得井井有条，各方土官、土目断不敢再反明廷。但是王三善对他的这个想法深为抵触，认为就算是要设置流官治理地方，也要先行剪除这些山落、村寨的首领人物，让他们感受到大明的雷霆之意，不敢再有任何私下动作，所谓双管齐下，既用雷霆手段，又用恩柔为辅，方可绝了土司反抗之心。
否则的话，就因为他们的土司身份，便对这些反叛大明的贼酋们既往不咎，岂不是更让他们心无敬畏，倘若日后对大明再有不满的话，也不忌惮再次举兵反抗，反正大明不会对他们赶尽杀绝，还要依靠他们来管理一方。
杨述中对王三善和孙越陵的意见不以为然，断然否定了他们的决策，自行其是地用他的方法来恩抚贼酋，企图以仁德教化。王三善气填胸臆，和杨述中发生了极为激烈的争吵，双方吵得脸红脖子粗，彻底撕破了脸面。
但杨述中是总督，职权大于王三善，乃是他的顶头上司。王三善纵然心中不服，也不能不按照他的方法行事，于是，原本旦夕可平的黔西剿寇，又发生了重大变故。
水西宣慰使安位及奢社辉得知杨述中、王三善不和之事后，再次遣使赴杨述中处请降。杨述中闻之大喜，即刻表示要将安位等人尽复其职，归还旧地。王三善不得已，只好再次上禀杨述中，表明众人皆可释，唯邦彦不可恕，毕竟水西之乱，始作俑者乃是此人，断不可放过此人，否则朝廷威望不存。
杨述中对王三善已经彻底失去了耐性，极为厌恶，认为他这是忤逆自己，跟上司对着干。于是，不仅对他的言语不予理睬，且还断绝了王三善后继粮饷。四年正月，在大方城久持不下的王三善由于粮尽，不得不从大方退兵。而此时，不仅安位和奢社辉未曾归降，就连安邦彦也逃遁于外，再也没有遣使来附。
至此，安邦彦的拖延之计终于得以成功，在王三善和杨述中争执不休的时候，他已经悄悄召集旧部，吸纳土目，重新凝聚了一股力量，趁着王三善从大方退兵之计，于奢香驿丛林中埋下伏兵对明军展开突袭，一举击溃已经缺粮短衣的黔军。
是役，黔军大败，王三善被俘身死，黔军精锐尽殁。在此战中，孙越陵纵然奋勇，也只是领着不足二千兵士逃出，就连秦良玉的弟弟副将秦民屏也是死于此战。安邦彦突袭成功后，再次夺回水西，号召诸村寨首领来附，屯兵鸭池河口，声势大振。
而孙越陵兵败来到了贵阳后，第一件事就是找到杨述中，和他大吵了一场，以泄心中之愤，如果他不是有着朝廷巡按的身份，只怕当时便要拔剑让杨述中血溅当场，以告慰诸多将士英灵。
强忍怒气的孙越陵回到永宁后，当即写下了一封言辞铿将的奏折，将杨述中畏敌不战、指挥失策的事情上表朝廷，请求朝廷治其罪状，并且，面唔朱燮元，将这一仗的前因后果尽皆言明，自行请罪。
朱燮元听他汇报完这一仗的因果之后，并没有责备他，而是继续让他督掌军事，打算再次派他出征。可就在此时，朝廷的一道勒令，让孙越陵不得不离开西南，急赴京师。
原来，朝中的东林党和三党正在进行最后的大决战，赵南星因孙越陵平奢崇明有功，故下令他让回京述职，以此来增加对抗三党的筹码，打算集结朝中所有东林势力，一举将三党赶出朝廷。
接到急令的孙越陵，不得不抛下西南战事，急赴京师。他匆匆交接完四川诸事，赶回京师之后，东林党和三党之争已经渐渐落下帷幕，在赵南星的大力阀哒之下，东林大获全胜，三党首领尽皆被逐，从此京师政事一统，尽落东林之手，无人能慑东林锋芒。
孙越陵因为平乱有功，在东林党的推荐之下，从都察院调任兵部任职，由原来的七品御史升任六品主事，循又升从五品职方司员外郎，深受东林重臣器重。
这一次，他就是奉了首辅叶向高的密令，前往诏狱见一位故人。
由于这一次是秘密会见，并不被朝廷法度允许，所以，他动用了关心堂和私下的力量，才得以来到这属于锦衣卫管辖的诏狱之内。
诏狱通道壁上亮着明灭不定的烛火，沿着脚下昏暗难明的道路，张应龙将他带到了一处牢门前，命狱卒打开牢门，对着他再次施礼说道：“大人，就是这里了。”
孙越陵点了点头，道：“有劳。”说罢便举步入牢，张应龙轻掩牢门，退到了十数步之外为他把风去了。
凭借着铁栏栅外照射进来的微弱火光，他一眼就看见了盘膝坐于草席之上的那个中年男子，这名男子一身囚衣，容貌清朗，见他入内，抬眼一看，笑道：“原来是孙堂主，许久不见，我都快要认不出你了。”
孙越陵走到他面前，盘膝坐定，看着这个男子双眼，压低声音道：“军师，您受累了，阁老让我来看您。”
这名男子闻言淡淡一笑，并未答话。
这人正是当今内阁中书、关心堂军师汪文言。自从东林党大败三党以来，三党成员多数被逐，朝中数个要害职位空缺，其中便有吏科都给事中一职。东林党人阮大铖为谋求此职，与左光斗、魏大中发生冲突，心意未遂之下愤而投奔阉党，并唆使御史上书弹劾左光斗和汪文言勾结不法。
魏忠贤见东林内讧，岂会放过