丘处机与成吉思汗分别后，成吉思汗对丘处机十分关心，他多次写信给丘处机，表达其深深的思念之情。《长春真人西游记》又载：“元帅贾昌至自行在，传旨：神仙自春及夏，道途匪易，所得食物、驿骑好否？到宣德（今河北宣化）等处，有司在意馆榖否？招谕在下人户得来否？朕常念神仙，神仙无忘朕。”元帅贾昌从成吉思汗的驻地赶来，传达成吉思汗的问候：“神仙春天时离开我，现在已经是夏天了，沿途艰辛，吃的好不？住的好不？车驾好不？到了宣德等地，地方官安排的满意不？那些归降我的人迎接你没有？朕经常想起神仙，神仙也不要忘了朕。可见，成吉思汗对丘处机想得多么周到。
丘处机离开成吉思汗，又走了大约一年。1224年春，丘处机西行归来，到达北京。在他余生的三年多时间里，再也没去山东
1227年，成吉思汗全力进攻西夏，战事很紧张，但他仍不能忘记丘处机。《长春真人西游记》载：“五月二十有五日，道人王志明至自秦州，传旨改北宫仙岛为万安宫（北京北海太液池南部），长春观为长春宫（今白云观），诏天下出家善人皆隶焉，且赐以金虎牌，道家事一仰神仙处置。”阴历五月二十五，道人王志明从秦州而来，他带来了成吉思汗的圣旨，圣旨中说，将北宫仙岛改为万安宫，长春观改为长春宫，令天下出家修炼之人都要听从丘处机的管理，并赐金虎牌，强调道家的一切事务全部由丘处机决断。
一般来说，佛家修炼的地方叫寺，道人修炼的地方叫观，帝王的住所才叫宫。成吉思汗改“观”为“宫”，这说明成吉思汗把丘处机视为帝王。礼遇之高，由此可见。
从成吉思汗和丘处机相见到各自离开人世，前后5年多，他们相处的时间不算长，但丘处机的“止杀”思想深深地影响了成吉思汗，此后蒙古铁骑征战，大大减轻了对平民的伤害。今天，北京白云观中的邱祖殿（后人因避孔子名讳，将“丘”改为“邱”），有一副乾隆皇帝写的对联：“万古长生，不用餐霞求秘诀；一言止杀，始知济世有奇功”，既表达了对丘处机的敬仰，也表达了对成吉思汗从善如流的赞誉，同时，也概括了成吉思汗和丘处机之间至诚至深的交情。2013年，由王坪导演、冉平编剧的电影《止杀令》上演，该片就取材于丘处机西行与成吉思汗会面的故事。
1224年春天，丘处机应燕京官员的邀请主持天长观。1227年，成吉思汗下诏将天长观改名长春宫（今北京白云观），并赐「金虎牌」，以“道家事一切仰『神仙』处置”，即诏命丘处机掌管天下道教。
蒙古太祖二十二年（金朝正大四年、1227年）农历七月初九日，丘处机在长春宫宝玄堂逝世，享龄80岁。在逝世一周年，他的弟子将他安葬在长春宫内的处顺堂。1269年，元世祖忽必烈下诏赠封他为“长春演道主教真人”。
丘氏有很高的文学修养，其道教词是同类中的上乘之作，前人对其评价甚高，唐圭璋先生的《全金元词》收入其词作的全部内容，顾嗣立编《元诗选》、陶湘补编《景宋金元明词》、周泳先编《唐宋金元词钩沉》、朱祖谋辑《瞗村丛书》亦收入其诗词。 丘词收入《磻溪集》，该书主要是丘处机居磻溪、龙门修道时所作，后由其门人编辑结集，共六卷，《正统道藏》收入太平部。唐圭璋先生的《全金元词》收入其词作的全部内容，该书“据影印金本及道藏校补朱本”，又据相关书籍增补了十九首，这样一来，丘词被唐圭璋先生搜罗殆尽。
丘处机遗着有《大丹直指》、《摄生消息论》、《蹯溪集》和《鸣道集》等。其诗词作品，在金、元之交有一定的代表性，后人所编《元诗别裁》、《词林纪事》都选有他的作品。《蹯溪词》一卷，由近人朱孝成辑于《疆村丛书》。丘处机西游经历，由其弟子李志常的《长春真人西游记》详载。
丘处机在《长春祖师语录》中指出： “生灭者形也，无生灭者性也，神也。有形皆坏，天地亦属幻躯，元会尽而示终。只有一点阳光，超出劫数之外，在身中为性海，即元海也。”全真道把成仙证真的根据建立在人心所具有的“真性”上，超出生死或长生成仙之道，唯在自心中体认真性。“按全真道的观点，自心真性本来无欠无余，只因被邪念遮蔽迷乱而不自觉，只要在心地上下功夫，于一念不生处体证真性，便可于一念间顿悟，乃至超出生死”。全真道的这种唯重修心见性以期超出生死的修炼路线，已十分接近佛教之道。修心见性的具体做法是什么呢？
丘处机在《北游语录》中指出：“但心定，行住坐卧皆是行道。如心定，有为也是，无为也是；心不定，处有为也不是，无为也不是。”也就是说，首先要心定，从而清除妄念，磨尽爱欲、除去旧习。故丘氏在《舍本逐末》诗中云：“一念无生即自由。”又如其《月中仙?山居》云：“天生耿介，爱一身孤僻，逍遥云壑。利名千种事，我心上、何曾挂着。”他的《无俗念?性通》上片很好地表现出这一点：“falun初转，慧风生、陡觉清凉无极。皓色凝空嘉气会，豁荡尘烦胸臆。五贼奔亡，三尺逃循，表里无踪迹。神思安泰，湛然不动戈戟。”又如：“放四大，优游无所为。向碧岩古洞，完全性命，临风对月，笑傲希夷。一曲玄歌，千钟美酒，日月