不过这种原本是配合朝廷的分化手段，用来限制和解决藩镇问题的底牌，却被大张旗鼓的用来对付我的龙武军，我真不知道该是悲哀还是荣幸。
要知道整个长安附近周边的驻军，几乎被卷入这场针对龙武军的动乱中，两大领兵的宗王，两镇节度使，南北衙，驻留城外的外镇军在内，十几支军一级的部队，几乎遭到了毁灭性打击，作为朝廷直属中军十六卫里，势力最完好的七个卫的编制彻底消失。同时还有大量的朝臣和官吏的家宅，被乱兵劫掠或捣毁，
但是很奇怪的一个事情，虽然那些阉党是因为陛下病危才临机发动的，但是那些外军却象是早有默契一般，按照远近的距离，几乎是同时发兵攻入长安，但是进了长安后的表现，却让人大跌眼镜，这些军队彻底失去了有效的控制。
然后是重新评定这些军队的战备等级和规模战斗力，以决定相应的配给制度和待遇级别，以及去留撤并还是整编。
在整顿的同时，也籍以在朝廷中军，在朝廷直属的中军，和关内驻军中，进行龙武军特色的三差一选一材制度的拓展试点，推行龙武军中沿用相对成熟的军勋等阶制度，以区于别外军，形成军职衔爵的双轨制度。职务和军衔彻底分开管理，薪饷和津贴、犒赏、年赐、月供、衣料等名目也彻底区分开来，以减少过手的环节和层次。
所谓三差制度，在营以上由中军派遣随行参军，以备参佐；在团以上由法曹派遣的军法虞侯，以纠检风纪；在队上差遣以武学出身的见习士官为领副。
一选就是，在火以下，让士兵自选管理饮食的专人，比同火副算是半个官，也算是小小的自治精神，龙武军的食料和饷钱是分开管理的，中间尽量减少过手的环节。
一材，就是材官制度，顾名思义就司材之官，鉴于龙武军的新式装备名目繁多，在战场上的军械消耗很大，而产生一些兵备保养不善的问题，而特地创立的，相当于后世的枪炮军士，由军器监派遣或培训专门的人员，在团、队一级，对各种器械的使用维护包养修缮，进行指导。平时军属的匠户营所辖修造所进行管理。
三差一选一材的体制，在长安的乱战中发挥了难以想象的作用，由于是突然袭击，许多营团直接被突如其来的敌人，分割成若干各小集团各自为战，一些主官校尉接战没多久就战死，这时候副尉继续指挥，副尉也阵亡，由军法官按照序列接替指挥，军法官阵亡后，参佐官继续指挥，参佐官阵亡，材官接任，团属主官、差遣官、材官全部战死，则由次一级的首席老兵队队正接手。
因此，哪怕损失了几乎所有负责指挥的军头，残余的部队还能够忙而不乱的继续战斗上很长一段时间，直到脱离战斗，因此大多数建制都得以保存下来。
在外军，则推行五兵轮边制度，但凡设计边防关要之所在，由定期轮换的少量禁军、部分卫军，配合本地边军进行协守，在节度使的本镇治所，则由节镇的牙兵，卫军、地方守捉或团练兵，构成sān_jí战备层次，以达到相互检视的目的，减少变乱或是尾大不掉的风险。
相对中军的大换血，除了被整顿的关内和陇右两大节度使，其他大部分外军还是沿袭了传统的监军制度，只不过变成内官、御史的双轨制，内官负责与朝廷的联络，和定期报告将领的言行，随军御史又称察官，则负责纠检军中风纪。不过随着由武学培训各道推荐来的将校士官，陆续发还本镇后，其中某些人还将当负起眼线和报告的任务。
至少在加强对军队的控制，或是削弱外军中个人色彩和山头主义的影响，加强朝廷的中央集权上，无论是新天子还是列位宰辅，对我在大多数措施的态度上，多是比较接近的赞同态度或者是默许的立场，所差别的知识行事的态度和方式。