与此同时，一向喜欢瞎指挥的沙皇尼古拉二世也指示远东俄国陆军总司令库罗帕特金发动攻势，责成他“对旅顺的命运负责”。这一点上和委员长大人极度相似，只不过委员长多少命好过这位悲剧沙皇，至少委员长只是输了江山，但是好歹在小岛上称孤道寡了几十年才寿终正寝，比起窝窝囊囊的没有国家愿意收留，最后一家子老小像老鼠一样被杀在地下室里的强得多。彼得堡警告库罗帕特金说：如丢掉旅顺，“将是新的最沉重的打击，不仅有损于俄国在远东的政治军事威望，而且有损于在近东、中亚和欧洲的政治军事威望。无疑，俄国的敌人将利用这一点尽可能使我们为难，而朋友则将把俄国视为软弱的同盟者而加以抛弃。”
在沙皇遥控指挥的压力下，库罗帕特金勉强派出1个军（施塔克尔堡指挥的西伯利亚第1军）南下支援旅顺。6月14~15日，该军在得利寺、瓦房店地区与日第2军遭遇（您没看错，是已经准备北上的日军第2军，这时候乃木的第3军还只是个番号呢），俄军不出意料的再次一败涂地，狼蹿回旅顺要塞，从此再也没敢出来呲牙。当然好歹也比起“望风而逃”和“闻谣言而溃散”的我大清正规军强上那么一星半点的。
从此旅顺与盘踞奉天周围的东北俄军主力的联系被完全切断。日军为进攻旅顺，必须确保第3军后方的安全，使它不致遭到已经开始集结于辽阳以南地区俄军的打击。因此，6月下半月，第1、第2、第4（从大孤山登陆）3个军开始向辽阳方向移动，企图牵制俄军于该地。6月26日起，日军恢复了辽东半岛上的军事行动。但占领了横山等制高点以后，又转入防御，等待增援。1个月后，日第3军恢复对旅顺的攻势。
此时，防守旅顺外围各隘口的俄军第44、第7两个师，兵力约1.6万人，火炮70门，凭借地势坚守，还有战舰支援。但在斯捷塞尔童鞋的指挥下，一如既往的节节败退。7月30日，俄军放弃旅顺外围最后一道天然屏障——狼山，俄军师在该处一共只坚守了半天，这还多亏了日军的重炮等家当搬动起来颇为费劲，才侥幸撑了几个时辰。
当日，俄军开始撤进要塞。甚至连日本人也没有估计到俄军退却如此之快。从战争爆发到7月底近半年中，旅顺要塞的防御有所加强。守军增到4万人，炮646门，机枪62挺。海军有战舰38艘。但物资储备不足以应付长期围困。例如炮弹，平均每门炮只有400发。防御工事不坚固，伪装不严密。特别是指挥无能。负责旅顺防务的斯捷塞尔是个常败将军，他从金州失守开始，就主张放弃旅顺外围一切要地，退入要塞，等待增援。此时甚至连海军的库罗帕特金也感到此人不宜继续担任指挥，曾命令他将指挥权交给斯米尔诺夫将军。不过对敌懦弱的斯捷塞尔此时倒是来了男子汉的担当，他居然大胆的对斯米尔诺夫隐瞒了电报，以致后者直到战争结束以后才知道对自己的“任命”，不幸的被承担投降重任。留在旅顺的舰队司令威特赫夫特也强调敌强己弱，拒绝出海，始终龟缩在港内。
此时包围旅顺的日军兵力已经上升到6万人，火炮400门（其中攻城炮198门），机枪72挺。同时，日方以舰队（52艘战舰）封锁了港口。旅顺自此成了个大翁，一众老毛子的海军陆军都成了里面的滋补佳品。
8月7日，日军发动进攻，最终攻占要塞外围前沿制高点——大孤山和小孤山。此役日军以12个营对俄军3个营。双方为争夺这两个战术要点激战了4天。最后以高地落入日军之手而告终。
8月10日，俄国舰队奉阿列克塞耶夫之命，试图突破封锁，开往海参崴。但由于威特赫夫特准备不周，指挥失当，与日舰队遭遇，当场战死，其余舰只被迫缩回基地；部分舰只逃到中立国港口，被解除武装。
8月12日，俄海参崴分舰队在蔚山海战中被日军上村彦之丞的第二舰队摧毁，太平洋舰队除了被堵在旅顺的战舰之外已经名存实亡了。
8月19日，日军对要塞发动首次强攻，昼夜突击，双方激战到8月24日。日军夺占了一些前沿工事，但伤亡约2万人（占总兵力13），士气低落，自伤者大有其人。俄军也伤亡350*0人。至此，日军放弃了迅速攻占旅顺的打算，改取长围久困之计。应该说这时候的鬼子还有点脑子，比起四十年代的那些鬼子毕竟是专业了一些，当然猴子毕竟是猴子，不要指望他们的本性有啥变化。