李世民下定决心要向秦琼下死手，把魏征叫到掖庭宫当面问计。
魏征对大唐一片忠心耿耿，不管身在李建成阵营，还归服李世民后，都是赤胆丹心，日月明鉴！心中奉行的“天子守国门，大臣死社稷”的做人标准，把大唐利益永远放在第一位。一面是尊贵的陛下李世民，一面是瓦岗老朋友秦琼。权衡其中利弊，魏征只得暂时放弃与秦琼的友情而替李世出主意。
秦琼勇冠三军，百万人中取上将首级如探囊取物。若想拿他，必需先防他。大唐之中与秦琼一样勇猛的将军，只有尉迟敬德一人与他不分上下伯仲。
李世民点点头，承认魏征所说不假，示意他继续说下去。
“臣以为，陛下可在明天上早朝时托言宫内闹鬼，使秦琼和尉迟敬德守夜驱邪，他二人不会拒绝。想他们杀人无数，趟过人血的河流才走到今天，就算是恶鬼见了他们也要退避三舍！但是，陛下可趁守夜之机把秦琼神鬼不觉的铲除掉。他即使反抗，身体有病，也有尉迟将军与之匹敌，陛下并无后顾之忧。”魏征道。
李世民听了大喜，此计甚好，魏征果然没让朕恭失望！便在第二天上朝时下了圣旨。
只是替皇帝守夜而已，尉迟敬德接到圣旨也没有往深处想是借他之手杀秦琼。
秦琼接到圣旨以后，躺在病床上想来想去，发觉事情有些异常。如今病得早朝都难以为继，吃饭还要奴仆端着饭碗喂，陛下却下圣旨要自已到宫里守夜？前段时间向陛下递交的关于身世的申请还没获批准，现在又搞出这神神鬼鬼的一套什么意思？天下有鬼么？自已在战场上杀人如麻，踏着尸骨登到现在的位置，真有鬼的话，早向自已寻仇了！陛下用这个计策，恐怕将对自已不利！
经历战场阴谋多了，出于本能的，秦琼预料到事出有变。可现在他久病在床，连个知心话都没人说，想来想去，只有请马周来商量了，立刻派人到常何府上请马周帮忙出主意。
秦琼请马周也是有原因的，身处舆论旋涡中心的秦琼几乎没有可以信任的人，要么都是秦王府旧臣对李世民忠诚不二，要么与他秦琼关系不够密切。身为殿中侍御史，马周上位没多久，还需要秦琼的帮助。马周看问题也非常准，聪明睿智，当仁不让，就是声名显赫的房玄龄魏征和马周比起来，也要略输一筹。
这时，魏征也想到马周聪明睿智这层关系，下早朝后，便和马周呆在一起商议，他向陛下出的主意怎么样。他心里隐隐还期待着，通过马周把不利的消息传给秦琼。毕竟魏征和秦琼都是山东人，也曾在瓦岗共事多年，知道秦琼不会造反，希望他知道将面临不利的局面而采取相应的措施。
从魏征只言片语中，马周猜到事情的大概，内心无比震惊。陛下对秦琼下手，恐怕仅仅是李世民的一个开始而不是结束！马周希望自已的猜测是错误的，希望不要出现那个局面。
正在这时，秦琼派的人赶到常何府中，向马周表明来意。马周说马上就去，先把人送走，与魏征又谈论一阵子，才来到秦琼府中。
秦琼躺在床上，形容枯蒿，皮肤黯淡，双眼无神而憔悴，一干子人围在床上暗自叹息却束手无策。马周见了心里一阵难过：念秦琼一身武艺，智谋双全，前半辈子金戈铁马，叱咤风云，后半生却面对残烛一盏，与床榻为伴，英雄气概只落个晚境凄凉！平常人都有的安度晚年也得不到，怎不令人唏嘘感叹，感叹世事无情？
这一切都因为秦琼病得不是时候！
秦琼从病床上撑起来，摒退身边的闲杂人，抱拳向马周请教：“秦某身陷谗言之中，凶多吉少。请马侍御史指点一二，如何才能渡过这次难关？”
马周长叹：“大势已经形成，这时再出手，说什么都晚了。只能被动迎接了！”
“没有其他算什么可走么？”秦琼不甘心。
“秦将军还真有其他想法？”马周怀疑问道。眼下久经隋末动乱，百姓追求安稳的生活，大唐定鼎中原，国力正在逐步恢复强盛。这个时候，任何有异心的人都属逆历史巨流而上，都将以失败告终。秦琼为人精明，为将勇敢，与李世民的气吞万里如虎的气概相比，还要弱几个档次。不起兵则罢，起兵就倒大霉。
秦琼脸色一黑，说：“实在不行，我告老还乡，离开是非之地，难道这也不行？”
马周摇摇头：“恐怕不是秦将军想像的那么容易。秦将军现在虽然遭受恶人中伤，背后靠着的还是陛下这棵大树。他们就算想灭掉你，也只能通过陛下之手。如果你回乡去，无官一身轻，可是，那帮小人对付你就无所忌惮！恐怕你离开朝堂也只是跳出火坑又陷泥潭！”
“那就只能坐等人家的刀架到脖子上而无所作为？”秦琼问。
“非也，非也！现在秦将军面临的问题只有一个！陛下相信了那帮小人的谗言！如何消除陛下对你的猜忌，才是解开这次危机的关键。”马周说到这里，想起一件事，就问：“秦将军实话告诉我，玄武门之战，你当时是否在场？”
秦琼无力地躺下了，沉思半晌说：“实不相瞒，当时秦某确实没去！”当时他没去是因为，李世民身边的大将都被太子设计调离到边关，处于不利地位。太上皇李渊支持李建成，李世民胜算少而李建成胜算大。秦琼为大唐裕血拼杀，血都流干了。如今他们兄弟二人起了矛盾，自已一