“三韩以来人臣之家所未有”的威势：透过一系列的夺权及废立行动后，崔忠献得到极高的权势。如高丽熙宗二年（1205年），崔忠献获封为晋康侯后，曾在一次在招呼诸侯的夜宴中，“诸王因奏留使，副其帐具，花果、丝竹、声伎之盛，自三韩以来，人臣之家所未有也。”因而“自后忠献出入宫禁，便服张盖，侍从门客，殆三千人。”到高丽高宗六年，更赐崔忠献姓王氏。
统治措施编辑独裁制度
私人部队“都房”制度：除了透过接连不断的政变来稳定权势外，崔忠献又引入了新制度来巩固自身权益，这就是设置私人部队──“都房”。“都房”以“班”位单位组成，轮流守卫崔忠献的私宅及护卫他的出入，具有相当庞大的规模。而要供养这支私人部队，据学者朱立熙所说，主要是靠着崔氏拥有广大的土地，从土地得到的租税与贡品，便成为财富泉源，庞大到足以应付其族人、党羽及宫吏的薪俸所需。朱立熙认为，崔忠献之所以成功地把权力留传四代之久，靠的就是“都房”，因为当时武人间的倾轧异常激烈，所以崔忠献有必要成立这支私人部队来自保。另设官府：1205年，高丽熙宗即位后的次年，崔忠献就获晋封为晋康侯，并且另设官府，称为“兴宁府”，自行配置僚属。于是，高丽朝朝政便完全归于崔忠献所掌握，国王只能仅保虚位，成为傀儡君主。
改革时弊
崔忠献刚刚铲除权臣李义旼，夺得权力后，便与弟弟崔忠粹一同向高丽明宗上奏了十个事项，要求改革当时的一些时弊，其中可归纳成这样：
公允分配土地：崔忠献认为，朝廷应该对臣民“量宜除授先王制土田”，按照实际情况颁发土地；此外，由于有势力人士的贪婪而“夺公私田兼有之”，占有大片土地，造成“邦赋削而军士缺”，朝廷无法根据田丁数字来收税征兵，因而要求能把这些被占的田地交还原有者。
澄清吏治：崔忠献发现，一些官员“惟利之从”，甚至向人民“争征田租”。而地方官员又“应察不察”，并从中作出舞弊营私。有鉴于此，崔忠献意欲改变地方官制的现状，加强对官员的审核，“能者擢之，否者惩之”。
倡导节俭：崔忠献认为当时廷臣们的生活“并不节俭”，住所、衣裳都过多修饰，令风俗败坏。因此要求国王“具训于百僚，禁华侈，尚俭啬”。
整顿佛教徒：当时的“浮图”，都获国王准许随便出入王宫，“以事干秽圣德”，又擅自“营立佛宇”，在崔忠献眼中，这些行径都不太妥当，于是意图令他们“不迹于宫”，多余的佛宇“削去勿留”。
善选谏诤官员：崔忠献认为当时负责进谏的官员，都“以苟合为心”，未能指出国君施政的毛病。所以就要求国王选择合适人选，“使直言在庭。”
大义灭亲
诛杀弟弟崔忠粹：高丽神宗即位后不久，崔忠粹欲将自己的女儿嫁给太子渊，并妄图先将当时的太子妃逐出，但忠献认为此举对王室及对太子妃都不太合适，劝谕忠粹：“以女配东宫（太子），得无讥乎？况夫妇之闲，恩义有素，太子配偶有年，一朝离之，于人情何？”力陈崔忠粹的做法不合情理。但忠粹并不接受，甚而因不堪母亲的规劝而“以手推之仆地”。崔忠献对忠粹忍无可忍，在得到亲族们的支持后，预备迎战忠粹。忠粹的部下亦转投忠献阵营，而他本人在逃走时被忠献追兵杀害。最后，崔忠献将弟弟“收葬之”。
流放姨甥朴晋材：朴晋材手下有一批勇悍之士，但获授官职的郤不多，晋材对此含恨在心，甚至图谋除去忠献，忠献亦感到晋材即将作乱，便在捉拿晋材后“断其脚筋”，然后流放。朴晋材不久病死，而他手下的“勇悍者”亦被流放远岛。事件发生在高丽熙宗三年（1207年）。
平定动乱
在崔忠献执政时，还有有两股势力随时起事，造成动乱，影响崔忠献的统治。
佛教寺院的势力：崔忠献执政期间，便有数次多达数千名的武装僧侣涌入开城，以图推翻崔忠献。崔忠献便迫令佛教住持──特别是那此已入佛门而没有合法身份的王子离开京城，并使用武力粉碎武装僧侣。农民起义：对于农民起义，崔忠献先采用武力平定，然后加以安抚政策。对于一些领袖人物，他授以官衔，释放部份贱民，把他们原本所属的“部曲”、“乡”或强制劳动区，合并入常规的县制。崔忠献的各种做法，把农民的起义平息下去。
失误政策
崔忠献的施政，亦曾有一些严重的失误：
对边防疏忽松懈：《高丽史》记载，崔忠献曾形容自己治下的高丽是“国富兵强”，所以当边境有急报，崔忠献就怒骂：“何以小事烦驿骑，惊朝廷？”对于崔忠献的轻率态度，边将只能采取“必待敌兵陷两三城，然后乃可飞报”的消极态度。高丽高宗三年（1216年），高丽边境就曾一度被契丹遗族入寇，弄致“京城无备，人情汹惧”，高丽好不容易才将契丹兵击退。