明代《本草纲目》则是古代本草按自然属性分类的最高成就，书中采用该方法将1892味药分为60类。其矿物药的金类主要是金属的单体物质、合金和金属矿石，玉类主要是硅酸盐化合物，石和卤类多是非金属单体及其化合物。每一类中，还大体上将相同元素和化合物集中排列。植物药中的草部，又分山草、芳草、隰草、毒草、蔓草、水草、石草、苔类、杂草9类。各类药物的排列次序也较为科学，如芳草之中当归、芎劳、蘼芜、蛇床、藁本、白芷等依次相随；毒草中大戟、泽漆、甘遂、续随子等列为同类。前者是因为“花实似蛇床”（伞形花序）；后者则是茎叶“折之有白汁……结实一颗三粒相合生”，这正是大戟属植物的主要特征。其对植物的“析族区类”，已孕育着现代科属分类的萌芽。其动物的排列“由微至巨，由贱至贵”，完全符合生物进化的观点。《本草纲目》的分类，领当时世界之先，纲目分明，便于查阅，在国内外产生了巨大的影响。
古代本草中的自然属性分类，基本上是实用性的分类，与现代系统的植（动）物学自然分类，尚有本质上的区别。但这种系统的自然分类，对临床中药学的意义不大，目前主要为药用植物学、中药鉴定学与药材学等学科所采用。
3.功效分类依据药物的主要功效进行药物分类的方法，称为功效分类。中药的功效分类，是以方便临床用药为目的而进行的分类，能够揭示药物防病治病作用的区别和联系，因此成为现代临床中药学分类的主流。中药的功效分类经历了漫长的发展过程，这种思想的萌芽。可以上溯至《神农本草经》，其所谓上品“益气”、“延年”，下品“除寒热邪气”等。无疑是考虑了功效为标准的。陈藏器《本草拾遗》提出药有宣、通、补、泻、轻、重、滑、涩、燥、湿十类，虽然还不是具体的功效。但在功效分类的发展中，迈出了关键的一步。明清时期随着人们对中药功效认识的提高，以功效分类为主的本草逐渐增多。但在当时，药物按功效分类的方法初具雏形，所分列的类别比较粗糙，查阅时仍不够方便。
现代临床中药学一般将药物分为解表药、清热药、泻下药、祛风湿药等，其下再分若干小类（节），如清热药又分清热泻火药、清热燥湿药、清热解毒药、清热凉血药、清虚热药等。
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其一。毒药非“毒”折叠
追溯到远古神农时代，《淮南子.修务训》中这样记载：“神农……尝百草之滋味，水泉之甘苦，令民知所避
就。当此之时，一日而遇七十二毒。”由此，古代把所有治病的药物泛称“毒药”。《素问.异法方宜论》说：“其病生于内，其治宜毒药。”在古人看来，是药三分毒，实际上是指药物的特性；后来才用以专指毒性较大的药物。《医学问答》对此有解释：“夫药本毒药，故神农辨百草谓之‘尝毒。药之治病。无非以毒拔毒，以毒解毒。”医圣张仲景更有精辟之论：“药，谓草、木、虫、鱼、禽、兽之类。以能治病，皆谓之毒”，“大凡可避邪安正者，均可称之为毒药。”神农一日而遇七十二毒，是说他一日之中，辨别了70余种药物的特性。药之特性，用对了可以治病救人，用错了就会伤人害命。…
其二，四气疗疾折叠
中药有“气”。“气”是什么？它能治病？的回答都是肯定的。在《神农本草经》中说：“药又有寒、热、温、凉四气。”“疗寒以热药，疗热以寒药。”药之“四气”便由此而来。中医药理论中说到“气”。居然有27个义项。这个“气”，不是日常生活中的概念。而是特指“药性”。的先祖用寒、热、温、凉来诠释药的特性，比“毒”要具体、科学多了，这中药的补，不仅内容丰富，而且别具文化情趣。有补气、补心、补血、补肾、补脾、补肝、补肺、补阴、补阳等等，与之相应的方药有“补心丹、补肝散、补肺散、四物汤、归脾汤、补阴丸、补血荣筋丸、补中益气汤、四君子汤、杞菊地黄丸、六味地黄丸、百合固金汤、补阳还五汤、补肾磁石丸、补肺阿胶汤等等，有以上功能的单味药，不下数十种，举不胜举。此类补法多是补脏气。这个“补”，是调理、增强的意思；这个“气”，是指生理功能，即用药物来调理增强五脏六腑的生理功能，使之发挥正常作用，充分体现中药对人体功能器官治本的作用。《神农本草经》中把药分为上、中、下三品(即“类”)，并说：“上药养命，中药养性，下药治病。”又说：“上药……为君，主养命以应天”，“中药……为臣，主养性以应人”，“下药……为佐使，主治病以应地”。
所谓养命、养性，都是突出了中药调养人体的功效，从而保证机体、各个器官组织的功能正常，这就是许多人信奉中药的原因之一。这是中药学的进步，也是它的特色，这其中也充满了文化意味。中药的这种特性，被一一体现在每一味药中，因为它对于疗疾治病十分重要。对于寒病就要用热性药，对于热病就要用寒性药，这里药性与病性是相逆的，所谓相反相成，这就是药文化的一种具体表现。若非如此，如果“以热益热(用热药治热病，下句仿此)，以寒增寒”，就会导致“精气内伤，不见(现)于外”，这是治疗上的严重失误(《汉书.艺文志.文技略》)。孙思邈在