虹色之花作为连接着精灵世界和光之美少女所在的现实世界的桥梁,自然也被黑暗势力所窥伺。虹色之花长期以来一直隐藏着自己的踪迹,而过去被光之美少女们打败的黑暗力量在宇宙的某处集合并且诞生了新的更为强大的黑暗力量为了让地球彻底陷入黑暗而盯上了虹色之花。这就是这个剧场版的背景。
在这次战斗中，为了分裂光之美少女的力量，敌人们将光之美少女拆分到沙漠、海洋、游戏盘（？？）三处战场。但是光之美少女们相信同伴的心,让她们排除万难重新集合在一起。但这时候黑暗力量找到了虹色之花,并将其吞噬。光之美少女失去了变身的力量。最后她们决定利用虹色之花最后的力量变身,这意味着两个世界无法在链接在一起,光之美少女们将永远见不到自己的搭档精灵。
当然,最后是皆大欢喜,但是祁宇不确定现在还能欢喜。在这个魔法少女们都集合在一起的世界，黑暗力量自然更加强大,再加上自己这只莫名其妙的蝴蝶，谁知道剧情被扇到什么地方去了？祁宇自然是要帮助光之美少女们的……不帮也不成,他和纲吉、戈薇一起，也被吸走了otz。
“表哥啊啊啊啊啊啊！！！！！！”变身后的渚——黑·天使踏着沙子被一群怪物追着跑，“怎么办啊啊啊啊啊！”
“冷静一点渚！”祁宇心一横，由巫女装变身成为魔法师，召唤出翅膀飞上天空，“隐藏着星星力量的钥匙啊,在我面前显示你真正的力量！现在以你的主人，祁宇之名命令你——封逾除！”
祁宇震动翅膀，挡在一众光之魔法少女面前，抛出卡片：“树！”
瞬间绿光闪过，从地上冒出无数树藤，将怪物紧紧抓住。
饼干沙漠的掌控者姆希邦和时钟沙漠的掌控者沙罗影大惊失色，而祁宇不给他们反应的时间，再次抛出卡片：“火！”
火焰点燃了数目，整个沙漠燃成了一片火海。
“雨！”祁宇第三次抛出了卡片，瓢泼大雨浇灭了火焰。
“哇哇表哥好厉害！！！”黑·天使一边消灭着落单的怪物，一边为祁宇喝彩。
“咦咦咦咦这到底怎么回事！难道男生也能成为光之美少女！！！”刚成为光之美少女不久的北条响——旋律天使目瞪口呆=□=。
“这是黑·天使经常提起的表哥呢，果然很厉害，女装也很漂亮！”桃园爱——桃天使笑得一脸灿烂，似乎这种艰巨的战斗对她而言并不造成负担似的。
“哇哇，作为男生比女生还漂亮这不科学。”梦园希——梦天使还不忘举着手跳脚表示自己的不满。
“我觉得祁宇哥不会喜欢听到希你的这种称赞。”花咲蕾——蕾天使笑得摆摆手，然后双手合拢，放出无数樱花瓣的阵风吹飞了面前的敌人。
“……你们……怎么这么轻松的样子，明明已经和伙伴失散了啊。”旋律天使很不解，难道和伙伴失散，不会和她一样，很忐忑很无力吗？
“不轻松啊，因为不轻松，才要努力战斗，早一点和伙伴们汇合啊。”日向咲——花天使朝着旋律天使握了一下拳，“只有勇往直前才能看到胜利的希望。”
“花天使说的没错，加油啊旋律天使！”蕾天使拍了拍旋律天使的肩膀，“我也曾经和你一样迷茫，但是迷茫是没有用的，只有继续往前走。”
“何况还有表哥在呢。”黑·天使明显是最没有压力的一个，“表哥啊啊啊，怎么打都打不完，怎么办！”
“哈哈哈这个空间是没有那么单纯能找到的！！”两个已经和祁宇缠斗起来的小boss猖狂的笑道。
祁宇额头冒出井字符号。看动漫还不觉得，真的自己经历了，才知道这战斗压力有多大。以他魔法师的状态，和杀生丸都能一拼，但是面对这两个小boss的时候，也感觉到了压力。那么那最大的boss黑洞到底会给人带来怎么样的压力？动画中，光之美少女是集合所有人的希望才打败它，这种boss，武力值已经无法衡量了吗？
不过祁宇目前为止还能支撑，他苦苦回想着在沙漠战场的出口。毕竟看的时间那么久了，即使记得大概剧情，但是细节还是模糊了。出口出口……祁宇猛然望上还在不断掉落怪物的天空：“上面！”
光之美少女们齐齐的望着上面，蕾天使头上滴下一排黑线：“从天上来就回天上去？到底是谁比较单纯……”
虽然这样吐槽，但是找到了出口，光之美少女们就看到了希望，战斗能力越发强悍。黑·天使上前帮助祁宇对战小boss，减轻了祁宇的压力。而花天使转化为月天使，飞到空中，撑起防护罩，从天上掉下来的怪物像流水一样从防护罩四周跌落。
紧接着，蕾天使、桃天使各自拿出魔法杖，粉红色的花苞和粉红色的方块合在一起，和梦天使的花蝶流星一起，形成粉红色的光柱，清退了第二波敌人。祁宇也带着黑·天使赶到，并使用风将旋律天使送到最上面，旋律天使将力量集中在拳头，一拳打碎了天上的盖子。几人立刻被裂缝吸入，像来的时候一样，从天空中掉了出来。
在祁宇等人离开战场的时候，其他光之美少女，夹带着祁宇这次带来的几人，也都回来了。纲吉被吸入了海洋战场，而戈薇以及其他彭格列成员包括云雀恭弥（？？？这人什么时候出现的！！！）去了游戏棋盘。
“宇哥。”阿纲用火焰将自己的身体稳在半空中，低头就