逐鹿之战以后，东皇太一入主九天居天皇之位。他一上位就建立了远古天庭，并且对逐鹿之战的功臣进行册封，在洪荒时期建立了一个森严的制度。而众圣及其后裔被划分为灵类。
不仅如此，东皇太一还在九天之上，建立了南天门，布下混元河洛大阵和周天星斗大阵以保天庭安全。
而东皇太一座下五位弟子，助东皇太一统领灵类，被人称为五御大帝！
他们分别是统御万天玉皇大帝，统御万神勾陈大帝，统御万灵青华大帝，统御万雷长生大帝和统御万星紫微大帝。
为了避免逐鹿之战战死的亡魂不入轮回为祸世间，东皇太一以巨钟在九幽地底开辟出一方虚空世界，称为冥界。设立阴曹地府，统御冥类。将逐鹿之战擒拿的以神荼，郁垒为首的战俘降卒册封为阴神，由阴神受命节制大地，猎守巡查所有不肯入幽冥的亡魂。
而远古部落之中那些由女娲点化而成的泥土、灵水所化种族划分为人类，其以炎黄两脉所传后人及九黎族后人为主，他们受轩辕黄帝统领。
而远古部落当中的洪荒异兽，远古妖族划分为兽类，而轩辕黄帝巡狩，至海滨而得白泽神兽。白泽口吐人言，达万物之情，黄帝因问天下鬼神之事，自古精气为物、游魂为变者凡万一千五百二十种。白泽言之，黄帝令以图写之，以示天下，统御兽类！
正当整个洪荒时代处于一片和平时，盘古的化身鸿钧道人门下一名弟子叛出师门。
该弟子名叫元祖天魔，他因三尸未斩，心生恶念被鸿钧道人逐出师门。被逐出师门以后，元祖天魔勾结以刑天为首蚩党发动暴乱。
刑天本就与蚩尤交情匪浅，然后又受到元祖天魔的挑唆，心生魔念。手持干戚杀上了黄帝的宫殿。
黄帝与刑天在常羊山激斗，刑天一时不备，被黄帝砍下头颅。黄帝将刑天的头颅封印在常羊山内，刑天大怒，施幻化之术，把*化作眼睛，把肚脐化作嘴巴，想要与黄帝再决高下，黄帝不愿杀之，便施法把刑天困在了常羊山。
刑天被困在常羊山，万念俱灰，最终丢弃干戚，倒地而亡。
刑天死后，元祖天魔顺利成了这帮蚩尤余党的领袖，他具有魔化洪荒人族的力量，所以他带领蚩尤余党不断壮大，不断地吞并黄帝的部落。
轩辕黄帝见元祖天魔的势力越来越强大，只好请求东皇太一的帮助。
东皇太一得知以后，率领天庭众神与元祖天魔的魔军展开了大战，元祖天魔与东皇太一大战七天七夜，最终不敌败退。
东皇太一乘胜追击，将元祖天魔与众魔军逼至不周山，东皇太一以巨钟在不周山顶布阵开辟一方虚空世界，在不周山顶设坛封天，将元祖天魔和众魔军封印在虚空世界之中，并命令水神共工和火神祝融留在不周山看守神坛。
不周山封魔以后，天地再次重归和平。
但是东皇太一没想到的是，虚空世界虽然封印住了元祖天魔使他不能破封而出，但是并不能完全封印住元祖天魔的魔气。元祖天魔的魔气从封印中溢出，侵入水神共工的体内，久而久之，在共工体内形成魔种。
突然有一天，共工魔性爆发，欲破坏神坛封印，祝融为了阻止共工，与共工在不周山上展开了大战。二神旗鼓相当，共工见久久不能取胜，便以头撞不周山，破坏了神坛封印。但是，与此同时，天柱崩塌，天地几近覆灭之灾。
在这紧要关头，共工突然清醒过来，为了防止魔军逃出为祸人间，他与祝融水火相融，耗尽本源封印住了虚空世界。
但是，水火二神虽然困住了魔军但是元祖天魔却在封印破除的同时就已经离开了虚空世界。
天柱崩塌，灭世浊海和灭世天火从天地裂痕中坠入人间，天地众生遭受灭顶之灾。
为了解救天地众生，女娲与伏羲二人率领众圣炼石补天，但是此时天地已经千疮百孔，众圣只能以身炼石，方能完成补天。
因此，这批天地孕育而出的始祖众圣，一个一个投入女娲的造物仙鼎之中，被炼成五彩石，最终又重归天地。最终天地裂缝几乎全部修复，唯独位于天地交界处有一处裂缝，女娲欲以身入鼎修补裂缝，伏羲不忍妹妹因补天而亡，化出一只灵蛇救下女娲，自己代替女娲以身补天，然而女娲下肢已经被炼化，与灵蛇化为一体，成上身为人，下身为蛇之形。
女娲补天功成，众圣多数陨落，元祖天魔欲借此良机划破天地裂痕，放出魔军。被东皇太一所阻，东皇太一为了防止他再次为祸人间，牺牲自己与其同归于尽。但是，元祖天魔肉身不灭不毁，死后化成了一方石碑，在虚空世界与天地裂缝之间打通了一个细微的隧道。而其魔性真元被东皇太一封印在一座灵山之中。
天地重归安宁！