最早的地球，没有任何生命。
由星尘凝聚成的球体，虽然从冰陨石中获得了水分，却没有孕育出任何活物。
直到二十三亿年前。
一个直径上千公里的巨大天体，降临地球，并在擦过地表之后，逗留在了地球卫星轨道上，形成了月亮，被称为白之月。
在撞击过程中，某个超凡的生命体，从白之月上脱离，并进入地球，穿过南北两极，贯穿地核，就是最原始的“生命之树”。
“生命之树”的本体，是能够在宇宙中旅行数百亿年的半永恒生物。它追求的，是自身的无限进化，因此需要寄生在星球上，不断吸收完美的生命基因，经过遴选之后融入自身，完成生命的蜕变。它在地球上凝聚出的第一颗果实，包含着降临地球之前，漫长宇宙旅程中的所有奥秘，并拥有自己的灵魂，这就是一切地球生命的源头——“亚当”。
亚当在这时候的数十亿年里，向着荒芜的大地海洋，散播了无数的生物种子，主导了之后的生命进化过程。
生命的进化是无限的，但是单个物种的进化却是有限的，比如三叶虫，在达到鼎盛并统治地球的三亿年之中，却完全没有任何新的变化。今天的鲨鱼，也同样有一亿年没有什么改变了。在历史上，所有这些进化到了极限，并主宰了地球的生物种群，都会遭到“亚当”的灭绝。然后，该种类会全部被生命之树吸收掉，互相补完，融合成巨大的单一生命体，被彻底封印起来，让生命之树吸收，最终形成一颗“生命果实”。这些果实，是“亚当”准备在未来用于完善自己进化之路的备用品，当制造出足够数量的“生命果实”之后，他会选择其中最完美的一个与之融合，成为自己横渡星河的样本。
这些生命果实，就是使徒的本源。
比如昼天使，就是三叶虫种群融合成的生命果实，水天使来自更古老的海洋藻类植物，霰天使则源自某种曾经遍布全球的菌类生物。在漫长的历史里，这样的种族灭绝进行了十次，有些物种留下了化石为我们所知，也有些则是消失在历史长河里，完全没有痕迹留下来。比如雷天使的本源“硅基生物”，或者空天使的本源“云中水母”，就都是完全无法用考古学揭示的失落生命体系。
如果按照正常进程，亚当会在百亿年之后，太阳接近燃尽的时候，吸收整个地球的能量，再次飞上月球，驾驶这巨大的星体飞行器，借助太阳自爆成超新星的冲击波，向着更遥远的星球远征。
如果没有那个意外的话。
意外发生在七千万年之前。
亚当从来没有想到，会在茫茫宇宙之中，碰到同类，所以当他发现危机的时候，被称为“黑之月”的第二个宇宙天体，已经降临地球了。这个天体比白之月小很多，降落在现在第三新东京市的地点。
蕴藏在黑之月里的，是生命之树的同类宇宙生物，却拥有着完全不同的进化方向，被称为智慧之树，而它也诞生了自己的第一颗拥有灵魂的果实——莉莉丝。
莉莉丝和亚当是同源，但有着完全不同的进化道路，亚当走的是纯粹的基因进化路线，只有生存能力最强的基因，才是他的发展方向。而莉莉丝走的，则是智慧进化路线，通过积累庞大的知识，来增加生存的能力。所以，她的本体力量远远不如亚当。
一山不容二虎，莉莉丝和亚当意外碰面，立即在地球上展开了争夺生存空间的殊死对抗，最后两败俱伤。当时亚当培养的恐龙族群彻底灭绝，亚当陷入沉睡，而黑之月则被巨大的力量蒸发，留下了第三新东京市地下的球形空洞（后来人们发现它之后，将其中大部分填埋，才形成了地下基地）。
在这场战斗中，莉莉丝也失去了行动能力，却没有沉睡，依旧保持着智慧。她发现智慧之树和生命树都遭到了毁灭性的毁坏，今后谁也无法单独再次进化了，只有将两树互相融合，才有机会再次飞向宇宙。
为了寻求再生，莉莉丝经过数千万年的修养和孕育，终于在大约三百万年前凝聚出了足够的力量，驱动智慧之树向整个地球散步了自己的种子。由于进化方向不同，智慧之树孕育的不是生命之树那样完整的生物种子，而是能够改变生物脑部构造的因子。这些因子和当时的古猿猴结合，扭转了它们的进化方向，生成了有智慧的生物，也就是后来的人类。
莉莉丝通过增强人类的智力，令他们打破了亚当遵循的”物竞天择适者生存”的进化原则，贯彻了自己坚持的“智者生存”的概念，通过对工具的运用，获得了远胜于亚当制造的生命的竞争能力，并最终统治了地球。
散播智慧，令莉莉丝也失去了全部能量，陷入了沉睡。
而得到了智慧的原始人类，则偶尔能从基因记忆里，得到一点点莉莉丝遗留的指点。
这种指点的出现间隔，往往是以千年为单位计算的，隐晦的基因记忆，形成了古老的宗教，并不断在巫师、祭祀和僧侣的冥想祈祷中，被发掘、拼凑、整理出来，形成个各种散碎的神话传说。
比如，智慧树和生命树，被传说成了伊甸园的双树，而亚当和莉莉丝，则成了最早的人类始祖。莉莉丝关于盗用亚当身体，制造新战斗个体的计划，被扭曲成了夏娃的诞生神话。
直到二十世纪末，人类终于找到了第三新东京市地下的大空洞，并且在那里挖掘到了莉莉丝的