除了陆军以外，林凡也对水军做出了改革，由于船只之上需要各种兵种，所以林凡并没有给予特定的划分，而是直接船只为作战单位，小型战船设人员定为50人，领军人员为船长；
一艘中型战船设200人，领军人员为司马，并且1艘中型战船钳制5艘小型战船；
一艘大型战船设500人，领军人员为校尉，1艘大型战船钳制5艘中型战船；
一艘巨型战船设2000人，领军人员为提督，1艘巨型战船钳制5艘大型战船；
也就是说，一只由提督统领的水军，一共拥有1艘巨型战船、5艘大型战船、25艘中型战船、125艘小型战船，总战斗人员高达15750人！
同时一支部队除了战斗单位，还需要后勤人员，林凡则定为4250人，将部队凑成2万整。后勤人员统一归为后勤校尉统领，至于运输船的规模与大小，林凡倒是没有定死，因为根据战局与环境的不同，所需要的物资是不同的。