西方近代文明和洋务新政的清新气息，足以使他扩展视野，更新观念。蔡元培游离广州期间。康有为正在长兴里万木草堂招徒讲学。士林风气的更化和改革潜流的涌动，蔡元培不可能毫无觉察而无动于衷。
尽管上述感受可能尚属朦胧意识，但随着世事的变迁，会逐渐清晰起来的。
1894年春，蔡元培从广东返回绍兴。随即赴京参加散馆考试。这是对翰林院庶吉士进行甄别，以决定任用的一种例行考试。应散馆后，蔡元培被授为翰林院编修。
至此，不满28岁的蔡元培，已经达到了当时读书人羡慕不已的科举道路之极。
接下来，蔡元培便开始了供职翰林院的京官生活。
应同乡先辈李慈铭的邀请，他兼任了李慈铭之子李承候的家庭教师，为其讲述《春秋左氏传》；同时，他还为李慈铭代阅天津问津书院的课卷。此时的蔡元培一个人在京，平素就寓居李家。
蔡元培和李家上下相处得极佳，是个特别受欢迎的人。吃住在李家，也给蔡元培单身汉的生活带来极大的方便。
李府常有官员来拜访，李慈铭总是把蔡元培介绍给大家，这样就扩大了蔡的交往圈子，丰富了其人脉资源。这对于像蔡元培这样的初登政坛的官员，无疑是十分重要的。
广交朋友，是蔡元培的平生极好，我们不止一次地说过，这时候的人们，乡土观念极强。此期间，蔡元培与在京的浙江籍人士王式通、胡道南等人交往尤其密切，经常在一起作诗遣怀。
如果蔡元培一心仕途，如果当时中国的政治没有发生翻天覆地的大变故，那么蔡元培沿着这条路继续走下去，则就可能青云直上、跻身达官显宦之列。
然而上面的两个都没有成真，蔡元培体制外的另类人生书卷，恰恰就从此时开始书写了。
1894年是农历甲午年，是中国近代史上极不平凡的一年。这年，爆发了撼动中外的中日“甲午战争”。
寓居李家，接触人多，消息也很灵通。蔡元培在中日双方，在朝鲜的军事对峙已呈一触即发之势时，就以焦灼的心情关注着事态的发展。
甲午战争以1894年(清光绪二十年)7月25日丰岛海战的爆发为开端，至1895年4月17日《马关条约》签字结束。这场战争以北洋水师全军覆没告终。
古老的东方泱泱大国，一战而败在东邻小邦日本手下。接踵而来的《马关条约》，割地赔款、丧权辱国，举国为之震惊。近代以来，内乱外忧不断，中国屡受列强侵略，但这是最让国人震动的一次。
东方的小岛国居然不知不觉地陡然崛起，而且很快将爪牙伸到泱泱中国，成了耀武扬威的获胜者。
实际上，接下来的50年间，直到抗战胜利，日本这个近邻都是中国最具威胁的敌人，中国的国防策略也基本上是针对日本这个东亚故邻。
同许许多多关心天下事的中国人一样，闻知甲午黄海海战战败的消息，年轻的翰林蔡元培简直不敢相信自己的耳朵。他悲愤交加，与其他朝中的忧国之士一起，在海战发生半个多月后联名向皇帝上奏：
“日讲起居注官翰林院侍读学士臣文廷式等跪奏，为敌情叵测、宜出奇计、以弭兵衅、恭折密陈、仰祈圣鉴事：
“……然倭人乘胜之时，震惊陪都，窥伺近甸，我虽布置严密，尤虑瑕隙未周，比闻倭将以倾国之兵，道出黄海。此时李鸿章既有暮气，而所调诸将，或多新募，或未成军……
“战国之时，秦攻齐，则韩、魏救之，攻韩魏，则赵救之。唐之藉兵，远及大食。宋之谋金，兼约西辽。
“此时倭人得志，势将不利于英；法人与其兵谋，德国亦所深忌。故闻英人颇有藉端与倭开衅之志，兵船五十余号，已尽集南洋。德人亦特厚于我，凡将弁之效力于中国者，其主皆特赏宝星；又任中国购买军火，借资驭敌，此非偏有所厚也，卫我即所以自卫也。……资其兵费，使伐倭人。……伏乞皇上圣鉴，谨奏。
“翰林院侍讲学士臣文海……臣徐世昌……臣蔡元培，修撰臣张骞，编修臣尹铭绶。”
这便是帝党中坚人物，翰林院侍讲学士文廷式领衔的，蔡元培、徐世昌、张骞、丁立钧、黄绍箕、沈曾桐等37人一八九四年十月七日，联名上奏光绪皇帝的《与文廷式等奏请密连英德以御倭人折》