但是，如果世祖李来亨是太宗李锦的养子，那么李来亨到底是谁的儿子呢？他在加入顺军之前又是怎样的人物呢？顺朝中期的人们找不到可信的答案。直到顺末，域外文献大量传回国内，才出现了新的说法。所谓“李来亨是逆案尚书李精白之子”的说法，也正是从此而来。
顺朝末年，是我国历史上一个空前的转折时期，学术上也同样经历了转折。1896年，贞松老人罗式如流亡瀛洲期间，访得在中原失传已久的明末小说《剿闯小史》一书。《剿闯小史》的作者自称是“懒道人”，应是明末顺初来往于北京和江南地区的一个文人。该书的成书时间大概是永昌元年，基本的立场是拥护南明政权，而斥顺为“贼”、清为“卤”。在该书中，出现了一个叫“李公子李岩”的人物。据说，他是河南杞县人，父亲是进士，他本人和弟弟“李牟”都是明朝的秀才。崇祯十二、十三年间，河南发生大旱，“李岩”劝说县令开仓济民，却反被关进监狱。有一位绰号“红娘子”的民军女领袖打抱不平，率领饥民打破监狱，救出“李岩”，占领县城，之后双双投靠了李自成率领的民军主力。“李岩”从此成为李自成重要的谋士，多次为李自成出谋划策，先后受封果毅将军、制将军等，最后随同李自成打进北京。由于顺初的一些野史笔记如《国槯》记载世祖李来亨也有“李公子”这个绰号，所以罗式如颇为兴奋，认为自己找到了顺世祖真正的生世。之后，他在这一基础上继续访书和研究，又从域外得到了明末清初江南文人计六奇的《明季北略》。
《明季北略》大约创作于顺世祖在位的初期，采用了野史笔记而非小说的体例，并博择各种野史，比《剿闯小史》看起来更加可信。在该书中，计六奇改写了《剿闯小史》有关“李岩”的情节，宣称“李公子”就是“今上”、“红娘子”则改为“刀马旦”并注明“即罗颜清也”、“李岩”的父亲“某进士”被落实为“（阉党）逆案中尚书李精白”，如此等等。经过计六奇的加工，顺世祖李来亨就成了名列逆案的天启朝兵部尚书李精白之子，参加顺军的经过成了在河南杞县起义后归附李自成并被倚为心腹，成为顺朝皇位继承人的原因则化用了《后鉴录》中所谓的“太祖李自成指名太宗李锦收养”说。尽管计六奇这样做的本意可能是为了吹捧李来亨，可是由于他的说法违背了顺朝官方把李来亨说成李过嫡长子的意图，最终该书的传播还是受到顺朝官方的限制。
1900年，罗式如根据上述诸书，在江户写作了《顺世祖生世考》，提出“顺世祖实乃逆案尚书李精白之子”的说法。此后，20世纪著名的历史学家孟森、吕诚之、范芸台、吴伯辰大都沿用罗式如的说法，使得此说在20世纪中叶竟然成了学界主流的观点。1944年，郭鼎堂写了后来被选入中学语文课本的《甲申三百年祭》一文，根据历史唯物主义史观，提出了“农民起义因何变质为新的封建王朝”的问题，并根据上述的“李来亨系尚书之子”说把顺世祖李来亨认定为官绅加入农民起义的代表人物，进而展开了一系列关于农民运动局限性的论述。由于郭鼎堂此文的巨大影响力，“李来亨即逆案尚书李精白之子”的说法在日后遂成为大众认知。1970年代，一句“警惕睡在我们身边的新李来亨”更是在神州大地家喻户晓。
然而，罗式如的说法在学界从未得到过一致赞同，原因是其中可疑的地方很多，比如李精白并不是杞县人，杞县地方志并未记载该县在崇祯十三年被攻陷过，包括奏疏、公文在内的诸多一手史料都可以确认李来亨在崇祯十二年已经是顺军的中级军官并参加了顺军在湖北西部的作战，同样诸多一手史料可以证明“刀马旦”罗颜清系罗汝才的妹妹，而且一直追随罗汝才的曹营行动，如此等等。
我国著名的顺史权威顾诚先生从1950年代起就很关注这一问题。他发现，所谓“李公子李岩”最初指的根本不是顺世祖李来亨，而是太祖李自成。明末顺初人顾炎武的《明季实录》曾说“太祖，讳自成，一讳炎，米脂人也”。明末官僚彭时亨的《中兴御寇策》、刘尚友的《崇祯小记》等书，也都曾称李自成为“李公子”。这就说明《剿闯小史》中“李岩”的故事很可能是来自明末江南文人对李自成的想象。1978年以后，顾诚先后发表了《顺世祖生世考质疑》等多篇文章，从各个方面说明了李来亨决非逆案尚书李精白的儿子。
那么顺世祖李来亨到底是谁的儿子呢？1979年，顾诚先生根据新史料写成的《再谈顺世祖李来亨的生世问题》一文中指出，根据崇祯十二年率部同顺军交战的明廷督师杨嗣昌、巡抚方孔炤等人的奏报，李来亨在当时被写作“五队乳虎李重二”，即李来亨的原名应该是“李重二”。而根据米脂当地的地方志记载，崇祯九年李