双方在两个月内交战50余次。清军损兵折将，损失惨重。
左宗棠获悉西宁府清军大败的消息以后极为震惊，一方面从各地不断地向西宁增兵，一方面加紧了诱降招安的活动。
重赏之下必有勇夫。留守在西宁城里的起义将领马永福经不住金钱和官职的诱惑，向清军投降了。他命令官兵关闭城门，与出城作战的起义军反目为敌。
马桂源在前线看到自家的后院起火，立即调兵围攻西宁城，造成了东部关口的防守空虚。
刘锦棠、董福祥趁机率领清军攻占了西宁城的大门大峡和小峡之间的隘路，随后乘胜前进，占领了西宁全城。
河湟——陕西联合起义军终因众寡悬殊大部分都瓦解了。
马桂源率领3000多人退到自己的老根据地巴燕戎格抚番厅。
白彦虎率领主张坚持斗争的2000余人向大通县方向逃亡。穆和迈也跟随白彦虎一起北撤了。
禹得彦率领部分起义军官兵投降了左宗棠，被派遣到陇东驻守。
落败的马桂源在巴燕戎格静下心来考虑道：我是马占鳌当年学习经文的老师，又和他同属于花寺门宦。他现在很受左宗棠的待见，不如派遣自己的心腹向他求助。
马占鳌见到马桂源派来的心腹满口答应帮忙，通知马桂源率领起义军到巴燕戎格的东山接受朝廷的招抚，暗地里却提前埋伏了湘军的重兵，将骗入包围圈的马桂源等起义军官兵一网打尽。
马桂源没有想到自己的学生会如此狠毒和奸诈，一边使劲地挣扎，一边大骂马占鳌迟早要下地狱受到火刑的拷问。
马占鳌担心马桂源等人泄露自己与他们密谋反清的秘密，残忍地用药物弄哑了他们的嗓子，然后才押赴到兰州。
左宗棠本来打算利用马桂源等人“以回制回”，现在看到他们成了一群毫无用处的哑巴，便下令凌迟处死了他们。
马桂源年幼的独子马鉊格也没有逃出魔掌。他和几百年云南那个名叫马和的幼童一样，被清军残忍地阉割以后发配给军人为奴。
王有德所在的清军攻占了巴燕城，又继续前行，占领了起义军的最后一个据点——循化厅城。
清军闯入循化城里，挨家挨户地搜查起义军。
王有德带着几个士兵撞开了撒鲁尔人哈桑的后代韩苏来曼的家门，只见十几岁的他端坐在炕上，双手捧着一本厚厚的书，正在专心致志地读书。
王有德轻蔑地说道：“真是个书呆子！刀子都架到脖子上了还在死读书。一个书呆子成不了武状元。走吧，别耽误了我们的正事。”
王有德等清军官兵把所有的可疑之人一律当做起义军战士，用麻绳五花大绑拖到城北的黄河滩涂上，一个一个地砍掉了他们的脑袋。
滩涂上到处丢弃着起义军的头颅。起义军官兵的鲜血把滚滚的黄河水都染成了红色。
西宁府的各族起义宣告彻底失败了。