那个象征着希望的红衣女孩登场了，所有人觉得这或许是这部电影里唯一的亮色，但是两位导演却异常残酷地选择了“杀死”小女孩。因为在这个故事里，犹太人是没有希望的。为了让病人们不至于死得过于痛苦，犹太医生微笑着在给病人的药水里投毒。等德国军人冲进来乱枪扫射的时候，他们早已经离开了人世。而当城市进入夜色当中之后，不断闪现的枪击声混合着德国军官的钢琴声，异常不和谐却又那么和谐。甚至在猎杀犹太人的间隙，两名德国军人还在讨论刚刚的钢琴曲是贝多芬的作品，还是莫扎特的作品。
电影总是有许多让人意想不到的情节发生，作为这个沦陷城市的最高占领军官，歌德上尉却爱上了为自己打扫房间的女仆，一个被纳粹视为低劣种族的犹太人。歌德上尉对抗自己内心的方法就是不断地去折磨这个女仆，好说服自己，自己并没有爱上一个人。而此时的辛德勒就成了歌德最好的朋友，两人经常喝酒聊天。而心中存有许多事情的歌德喝醉了，辛德勒搀扶住了他。歌德上尉笑着说：“我们一起喝酒很多次了，我几乎没有看到你喝醉过，可见你是一个非常有克制力的人。克制力就是控制力，而控制力其实就是权力。”
而经过这段时间与史丹的相处和自己的亲身经历，辛德勒已经改变了自己的很多看法。他想了想，说道：“杀人并不是权力，而是审判，与权力不同……权力是，你有资格去杀一个人，而你却选择了不杀，……赦免，这才是权力。”
辛德勒的话似乎触动了歌德上尉，随后他笑着摇摇头，“你这是喝醉了！”
或许真的是辛德勒的话有了那么一点点作用，次日醒来的歌德上尉居然没有对摔坏他马鞍的男孩发火，甚至他还劝阻了一个试图枪决一个吸烟犹太妇女的德国士兵，还告诉自己的男仆要如何清理自己的浴缸……有一些观众开始觉得，或许这个歌德上尉并不是一个坏人，他的内心深处还有那么一点点的善良。可是就当歌德上尉赦免了那个仆人男孩没多久，一声枪响在那个男孩身边响了起来。紧接着是第二枪，那个男孩倒在了血泊之中。
“上帝啊！为什么？”有人忍不住低声惊呼起来。导演在电影中一次次扼杀观众心中的希望，将整部电影推到一个没有任何明天的绝望世界。
接下去的镜头便是让杰德一度崩溃的片头，为了“腾出地方”给新的犹太人，于是原本居住在这里的犹太人必须裸身在冬天里跑圈。一旦没有跑够足够的圈数就会被视为“病人”，然后被枪决。一个老头为了达到不是病人的标准，一次次摔倒又一次次地爬起来继续跑，他的身边是冷漠的医生和战战兢兢的同类。没有人敢去帮忙，因为一旦你有什么看上去不健康的行为，那么你的测试就结束了，你会被德国士兵拉到一旁去等候命运。而犹太女人们为了让自己看上去更“健康”一点，她们刺破了手指，用鲜血作为化妆品好让及的脸色红润些。至于那些孩子们，德军为他们送上了温柔的安眠曲，在静谧柔和的曲声中他们阖上了双眼。不过等他们再醒来的时候，迎接他们的是残忍的地狱——奥斯维辛集中营。也有一些机灵的小孩逃了出来，为了活下去，他们躲在粪坑里只求德国士兵不会检查这里。
故事依然在平静地叙述着，原本黑白分明的画面变得只有一种淡淡的灰色，天空中也飞舞着灰色的碎屑。这其实并不是尘埃，而是德国纳粹焚烧犹太人尸骨的骨灰。一堆堆的尸体被推了出来，其中就包括那么亮丽的红色。辛德勒终于无法再忍受下去了，他找到史丹，列出了一个名单。随着名单的增加，消失的就是辛德勒辛苦半辈子的积蓄。
“这是生的希望。……名单之外，则是深渊。”
辛德勒带着名单上的这些人前往他的家乡，以开办工厂的名义带领他们逃出了监狱。在抵达辛德勒的家乡之后，所有的犹太人依然要求被分成两队，前往“淋浴室”。当一群妇女被赶进“淋浴室”的时候，她们紧紧地抱在一起，等待那个审判时刻地到来。黑暗中，从开始惊恐的尖叫到后来的悄然无息，她们选择了向命运屈从。不过，房间里洒下来的却是真正的水，她们为自己的幸运而欢呼。可是当她们离开淋浴室的时候，却发现另一队人去的真正地方是——焚尸炉。原本的幸福和快乐瞬间就消失了，在这里，没有快乐和希望！由于小孩不能做工，所以德国人不允许辛德勒带走小孩，一个个骨肉分离的惨剧便在眼前上演。
回到工厂后，有德国士兵依然想来辛德勒的工厂杀人取乐，原本老于世故的商人辛德勒却和士兵们吵了起来，为了维护这群犹太人，他和德国人吵了起来。在随后的日子里，辛德勒的工厂并没有生产任何产品。为了维持这些人的生机和贿赂德国军官，辛德勒濒临破产。
终于，辛德勒和他的工人们等到了希望，德国战败了。但是谁能保证监视工厂的这群德国官兵们不会在最后对犹太工人来一次疯狂地屠杀呢？辛德勒再度站了出来，他在工厂对着车间里的所有工人及台阶上持枪的德国军人们发表演讲：“刚听到宣布，德国无条