熊廷弼奏请皇帝撤换他的副手袁应泰，说是袁应泰虽然精明强干、爱民如子，但是缺乏军事常识没有带兵能力。皇帝知道历史上沈、辽二城就是在袁应泰手上丢的，也就同意了熊廷弼的请求。朱由校让内阁火速起草熊廷弼上任的文书和召回袁应泰的文书，司礼监盖章生效。熊廷弼在京城仅仅呆了一个晚上，就带着朝廷发给他的印信文书和尚方宝剑风尘仆仆地回辽东赴任了。
熊廷弼走了，皇帝去找吏部尚书周嘉谟澄清利害，告诉他熊廷弼是朝廷的栋梁之才。让姚宗文、顾慥、姚三元、魏应嘉等弹劾过熊廷弼的言官以诽谤封疆大吏的罪名全部致仕，周嘉谟觉得惩罚过重，因为言官本来就有弹劾纠察之权。但是周嘉谟禁不住皇帝拿文正的头衔威逼利诱，还是写了弹劾言官的奏疏。周嘉谟知道天子已经把他看做自己人了，小皇帝亲政这几天，他看出来陛下要大权独揽。这个时候得罪谁都不能得罪皇帝。
罢免，内阁大学士刘一燝和韩爌都表示反对，认为处罚过重。可现在的内阁首辅是孙承宗，孙承宗驳回了他们俩的反对意见，写完赞成的票拟送往司礼监批红生效。姚宗文一伙滚蛋回家，朝臣为之一震，皇帝这是放出了要重用熊廷弼的信号。这个时候就有那些投其所好的言官给熊廷弼写表扬信了。
到九月月末，数理院在北京也正式建起了一个衙门。数理院的第一任院长是徐光启，品级是正二品。数理院在朝廷里引起了很大的争议，很多奏疏都劝谏皇帝不要随便增设无用机构，人浮于事白拿钱。对于这些奏疏，朱由校一律留中不发。为了减少非议，皇帝完全靠内帑支撑起数理院的开销，不用户部开支。
处理完这些繁琐的公务，朱由校想休息一下午。闲暇之余，朱由校想起了自己来明朝的起源，就是火灾现场那幅脉轮图。这七个脉轮，朱由校一直都在训练。虽然摸着石头过河，朱由校也算糊里糊涂地有了不少收获。
朱由校突然想到既然自己见到的脉轮图是一幅古图，那么在明朝是否也有关于脉轮的古代文献呢。朱由校询问管文书档案的刘时敏，宫里的档案库有没有叫脉轮的书。刘时敏博闻强识，还真找到了一本叫《脉轮经》的书。此书原本是来自天竺，传到乌斯藏高僧手中被译成藏文，后来又翻译成汉文进贡给大明王廷。此书据说是一本教人养生的书，自打这本书传进宫里也没人修炼成功过，刘时敏还提醒皇上不要迷信这种神佛之书。
京城的天空铺满了乌云，到了下午雨直直的一片片的往下落，地上射起了无数的箭头，紫禁城的房屋上落下万千条瀑布。不到一碗茶的时间，天地已经分不开了，空中的河往下落，地上的河横流，成了一个灰暗昏黄，有时又白亮亮的，一个水世界。外面是冷飕飕的秋冬之交的大雨，乾清宫本来就烧了地龙取暖，再加上值班太监临时又增烧了铜盆炭火，暖阁里显出一片温暖祥和。朱由校就在他的暖阁里半躺在罗汉榻上看这本书，这本书的大意是这样的：
每个人的身体里，都有七个像圆轮一样的能量中枢旋转着。脉轮是像旋涡般转动的生命力的交汇点，每个脉轮都反映了人类身体的一部分。
脉轮是掌理组织的能量中枢，能帮助人类承接、吸纳和传达生命能量。身体是载运意识的工具，而脉轮就是生命之轮，他驾驭着这个载具通过试炼、磨难和蜕变。
第一脉轮是海底轮，在脊柱底部。海底轮是整个脉轮系统的根基，撑起其他所有脉轮的基石。海底轮的功能是生存，决定着身体的健康。海底轮随时都在工作，但是只有在静止的状态下比如平躺时，才能真正发挥它的最大效力改善人体的健康。
第二脉轮是性轮，在下腹部。这个部位也被称作丹田，是生命延续的基座。性轮能调节身体里液体的流动，是生命力的扩张，也是更新与再生的舞蹈。性轮的功能是繁殖，驱动时会消耗很大的能量。
第三脉轮是太阳轮，在肚脐的位置。太阳轮主管生命之火，它的功能是增强人的力量。驱动太阳轮最困难的就是起步，一旦点着了火，继续燃烧就比较容易。只需要不时驱动一下，就能把火越烧越大，人的力量也会不断增加。驱动的方式就是剧烈运动。身体对生命之火的燃烧也是有限度的，不能无限燃烧。力量增加的过大，太阳轮减速后身体肌肉会受到损伤。
第四脉轮是心轮，在胸口的位置。心轮是脉轮系统的中心点，是结合上下内外力量的地方。驱动心轮可以将人对外界的感受向外放射，贯穿一切。心轮只有在空旷地带才能发挥最大作用。
第五脉轮是喉轮，在喉咙的部位。喉轮的功能是沟通，沟通是让生命运作的连接法则。驱动喉轮，能通过声音的震动影响其他人的思维。
第六脉轮是眉心轮，在额头中央。眉心轮又被称为第三只眼，能够增加人的视力。
第七脉轮是顶轮，在头顶中央。好比王冠意味着王国的秩序，顶轮也代表了人生的主宰原则。它是思考、推理且赋予人体的行动形式的最终意识。顶轮一直在自我旋转，不受人的控制，到人死后才会停转。
身体里的六个脉轮可以单独驱动，也可以几个脉轮同时驱动。但是太阳轮和海底轮不能同时运转，太阳轮的加速条件是运动，海底轮的加速条件是静止。
朱由校看《脉轮经》这本书，看