泰昌元年，九月十六。皇帝上朝亲政。
今日上朝，朱由校的第一件事就是下令逮捕辽东总兵官李如柏。
李如柏是著名将领李成梁的第二子，年少时多次跟随父亲出塞立下战功，官至都督、辽东总兵官。可惜李如柏到晚年的时候纵情酒色，不再有年少的英锐之气。
万历四十七年三月，在萨尔浒之战中，李如柏担任南路军总指挥，统帅三万大军，先是左右避敌，企图守营自固，继而惊慌失措，临阵逃脱，致使军中大乱，自相践踏，死者千余人。杜松、马林、刘綎三路大军俱全军覆没，只有他的南路军得以幸存下来。事后，群臣一再上疏要求严惩李如柏。而明神宗始终念着李成梁的功劳，仅下令召回北京，听候处理。今日早朝又有不少廷臣建议将李如柏下狱，为了顺应人心并显示自己的赏罚分明，朱由校决定逮捕李如柏。
关于辽东选将的纷争并没有因逮捕李如柏而结束。朱由校开始处理今天让人极其恼火的第二件事，就是多位言官集体弹劾现任辽东经略熊廷弼。
御史姚宗文曾经去巡视过辽东前线，今天他上疏辽东的疆土日益缩小并指责这是现在的辽东经略熊廷弼的错误。他指责熊廷弼废弃众人的策略而认为只有自己一个人的智谋是杰出的，并且说：“军马不训练，将领不安排，人心不依附，刑法的威力有时不起作用，土木营造没有停止的时候。”
紧接着，河南道御史顾慥也开始弹劾熊廷弼。顾慥指责他出山海关过了一年，随意行动没有一定的规划；蒲河失守，隐匿不向上报告；扛着武器的士兵只用来挑土开河，尚方宝剑只用来耀武扬威。
御史姚三元就更过分了，他弹劾熊廷弼没有谋略的事八件，欺君的事三件，说不罢免他，辽东必然保不住。
御史张修德弹劾熊廷弼说他破坏了辽阳城的防卫，给事中魏应嘉也附和这几位言官的意见。
御座上的皇帝已经听的想骂人了，他想起历史书上的一句话，“使廷弼若在，安有虏马之南牧乎？”熊廷弼可以说是最早看清努尔哈赤父子野心和实力的人，并且为了与之对抗做出了积极有效的应对。虽然暂时不能收复失地，但是努尔哈赤父子也不能再进一步。今日朱由校还没搞清楚这几个人和熊廷弼有什么恩怨，侍立在身边的刘时敏也没来他耳边提醒，但是他已经可以确定这几个言官是为一己私利而不是为国家大局考虑。
朱由校想发火，但是他转念一想不妨借此机会试探一下其他大臣对辽东战局的意见。皇帝问：“诸位大臣，对熊廷弼在辽东的作为有没有其他意见啊？今天不妨敞开了说一说。”
皇帝的话说完，整个朝堂鸦雀无声。皇帝的目光扫视着这群不敢作声的大臣，目光最后落到了内阁首辅孙承宗身上。
孙承宗和皇帝眼神对视了几秒，无奈之下孙首辅出声：“陛下，微臣以为东虏来势凶猛，萨尔浒之战的大败缘由并非只是杨镐的指挥失误。熊廷弼面对如此凶恶的贼寇，能自守就已经是万幸。万里三十六年，熊廷弼以御史身份巡按辽东，在辽数年，风纪大振。万历四十七年，熊廷弼出山海关，行至杏山。第二天入辽阳，再乘雪夜赴抚顺。所到之处，招集流民，整修守具，布防兵马，由此而人心大定。微臣可以说熊廷弼是现在满朝文武最了解辽东战局的臣子，如果陛下对他还是不放心，可以派御史去巡察辽东看看熊廷弼是否得力。”
内阁首辅讲完，给事中魏应嘉自告奋勇去巡察辽东调查熊廷弼办事是否得力。没等皇帝表态，杨涟发言了：“给事中魏应嘉已经弹劾熊廷弼了，臣担心他会对熊廷弼有所偏见。陛下应该另择贤良方正知兵之人前去调查。”
朱由校做出朝会的结束语：“更换辽东经略一事，兹事体大。朕需要好好想想，今天先退朝吧，摆驾回宫。”下朝时，姚宗文那几个言官相视一笑，以为熊廷弼必倒。
皇帝没有回乾清宫，而是去了文华殿。朱由校传内阁首辅孙承宗速来见他，孙承宗一来皇帝就问他：“孙先生，你对熊廷弼的评价还算中肯，但是为什么你为熊廷弼说话的时候很不情愿啊？”
“陛下，虽然臣下已贵为内阁首辅，但是臣也怕言官啊！”明朝的内阁首辅自从张居正死了以后，就不再有敢挑大梁的重臣。臣子都想着明哲保身，害怕死后家里人像张家一样受尽侮辱。孙承宗本来就想竭力避免卷入人事斗争，今天的发言已经算是大胆了。
“孙先生，那你知道为什么以姚宗文为首的那几个言官弹劾熊廷弼吗？”
“回陛下，臣下对辽东边防熊廷弼和那几个言官的恩怨了解一些？”
“好，孙先生你快讲一讲。”
“陛下，熊廷弼这个人正如我所说，治辽有功。但他性刚负气，好骂人，不为人下，不善于与同僚搞好关系。”
听孙承宗说完，朱由校才明白纷争的来龙去脉。熊廷弼当御史时，与辽阳人、御史刘国缙和户科给事中姚宗文都是楚党的言官，意气相投。不久，刘国缙因事被贬官。及朝廷议用辽人时，又召他为兵部主事，赞画辽东军务。因为他是辽东人，主张募辽东人当兵，与熊廷弼意见不合。又因为刘国缙所募来的士兵，后来多数逃亡，熊廷弼对此很不满意，奏报朝廷。刘国缙受到严厉斥责，从此更加痛恨熊廷弼。
姚宗文，原系刘国缙的门下，他任户