天启二年，三月初七，皇帝上朝亲政。
当时，接连几个月不下雨，阴风怒号，突降冰雹，大如鸡蛋，击打屋顶，屋瓦都被打碎，草木禾苗被冰雹打毁的不计其数。在早朝时，有一个叫周宗建的御史说这是因为杀人太多刑法太酷烈的缘故，拐弯抹角地批评皇帝滥杀臣工。
朱由校只能憋着这股窝囊气，这是从汉朝开始，儒生董仲舒提出的天命理论，有灾害就说明君主失德。真是狗屁理论，地震冰雹和皇帝有什么关系！不过现在是多事之秋，朱由校努力地克制自己的情绪，有什么仇以后再报。
早朝后，在文华殿，皇帝查看着最近的奏章和塘报。山东总督袁可立汇报闻香教的大小反贼头目已经被抓1住，眼下正在押往京城处死。同时，袁可立还要求朝廷给予他救灾钱粮来赈济因为地震受灾的百姓。朱由校下旨从国库调拨五十万两银子给袁可立支配，并发给他一把尚方宝剑，允许他对贪污赈灾钱粮的官吏先斩后奏。
四川的战事还没有结束，负责平定奢崇明叛乱的四川巡抚朱燮元发了不少奏章给朝廷。大部分奏章是报告目前的战争近况，还有几封奏章是为战死的官吏讨要抚恤。
西南的总体形势是朝廷占上风，皇帝早就下令让延绥总兵官杜文焕率领边军两万下川平敌。孙传庭所率领的一万京军训练有素，器械精良，但毕竟是在外地作战，不熟悉当地山川地形，只有小胜。但即使如此，京军依旧敢战，士气依旧高昂。
奢崇明现在明显处于下风，四川巡抚朱燮元的裨将刘养鲲跟他汇报说：“有一个叫孔之谭的秀才，来明军大营定约，叛军将领罗象乾想弃暗投明立功赎罪。”朱燮元便派孔之谭回去，孔之谭回到敌营便劝说罗象乾一同回来。朱燮元把罗象乾叫到大营一同饮酒。罗象乾全身披挂兵甲，腰间悬挂佩刀，朱巡抚对他并不怀疑，与他畅谈一夜。
罗象乾十分感谢朱燮元的信任，发誓以死报答，朱燮元答应了，罗象乾偷偷地回到敌营。此后，叛军中的举动，明军都完全掌握。过了几天，罗象乾将奢崇明引诱到一处密林，朱燮元的伏兵突然出现，叛军大败，奢崇明被打得落荒而逃。罗象乾纵火焚烧敌营，叛军大乱损失过万，罗象乾率领他的部下归顺大明。
天兵再接再厉，继续进攻叛军将领张彤所占领的重庆。当时张彤收集残余士兵上万人，占据重庆的险阻要塞。朱燮元派遣秦良玉夺取二郎关，总兵官杜文焕夺取佛图关。各路将领率领本部人马进逼重庆驻扎，重庆城中粮食不足，朱燮元设计擒获张彤和他的同伙张国用、石永高等三十余人，收复重庆。不久又收复泸州。
在收复重庆、泸州以后，朱燮元给皇帝写了一份长长的奏折，给为国尽忠的臣子们请求抚恤。
这次叛乱，在重庆被反贼杀害的道员有孙好古、骆日升、李继周，知府有章文炳，同知有王世科、熊嗣先，推官有王三宅，参将有万金、王高爵而段高选一家，其父段汝元，其母刘氏、其侧室徐氏及一子、一女听说叛贼攻入城中都s身亡，他的仆人冒着生命危险寻找主人的尸体，也被害。
冲入城中与敌军搏杀，遇到伏兵阵亡的有原任巩昌府同知董尽伦叛贼攻打成都时陷入敌阵阵亡者有指挥冉世法、雷安世，去援救成都战死者有成都后卫指挥韩应泰，小河所镇抚郁联若。其他在外地方官殉难的有灌县知县左重，他向成都方向追杀叛贼，竭力奋战，战马惊蹶被摔下，痛骂贼军被害南溪知县王硕辅，县城陷落s，叛军将他肢解桐梓知县洪维翰，县城陷落，同叛贼抢夺官印，不肯屈服，与典史黄启鸣一起被杀郫县训导赵恺率众杀贼，被刺死大足县主簿张志誉、典史宋应皋，召集士兵，与敌奋战，气力用尽阵亡。
皇帝看着这份长长的奏章，很受触动。他一直觉得明末有良心，肯为国家出力的士大夫很少。现在看来，也许是因为明末的战乱太多，像这样优秀的官绅死1光了，明朝才灭亡的。
对死难者的惋惜没有持续多久，毕竟叛乱还未平息。奢崇明的儿子奢寅被官军抓1住，严刑拷打之下，朝廷得知安邦彦也要谋反。安邦彦听说此事败露后，匆忙起兵n响应奢崇明，自称是罗甸大王。四川没平静，贵州又乱了起来。
安邦彦把持着水西宣慰司，他率兵首先袭击毕节，当地都司杨明廷坚决守城，杀死叛军数百人，最后阵亡，毕节被叛军占领。此时，安邦彦的属下安邦俊、安若山、陈其愚、陈万典等各部头目都蜂拥而起，支援叛乱，他们分兵四路，攻破安顺、沾益，东下nn、偏桥一带，而安邦彦亲自统率水西部三万人马渡过陆广河，直1捣贵阳。
明军早已从俘虏的奢寅口中得知安邦彦的野心。孙传庭带着京军星夜兼程赶到贵阳城，接管当地的防御。贵阳城中的布政使、按察使、知府、县令都进京朝觐，巡抚李枟已经解职等待交接，新任巡抚王三善尚未到任。李枟听说发生叛乱，便与巡按御史史永安、提学佥事刘锡元全力协助孙传庭守城，学校教官和秀才们也都组织居民分堞守城。
n的地方不只是贵州还有云南，乌撒土舍安效良首先归附叛军，便攻破乌撒卫，指挥管良相战死，管良相的同僚李应期、朱云泰、蒋邦俊同时遇害。
了解完目前的战况，朱由校做出自己的部署。该给指示给指示，该给抚恤给抚恤。战争一打起