方案按照先下游后上游、先疏浚后堵塞的原则所提出的各项工程上下相连、首尾坚固、环环相扣，叙述详而不杂、细而不乱、简洁明了，有理有据。方案中还详细讲述了筹划钱粮以保证顺利施工、整顿河务以提高施工效率、设立河兵以善后防守计划，从而不仅从工程上而且从人力、财力上都有了全面的考虑和计划。
工部尚书徐光启看完这份奏疏以后，拍手叫好、高声称赞。朱由校也大为满意。可是当这件事提到朝堂上讨论时，却因花费太多、雇佣民夫太多而遭到大臣们的否决。大臣们认为目前军需浩繁，不宜兴举如此大规模的工程，建议缓期执行。
皇帝陛下乾纲独断，朱由校下令批准了河道总督左光斗的请求。算上之前调拨给左光斗的五十万两银子，朝廷又增加了二百五十万两作为大修的预算，总计三百万两白银，限期工程三年告竣。
朱由校发往济宁的诏书有两份，一份给左光斗和徐霞客，大明朝廷全力支持他们治河方略另一份是给许显纯的，表扬他精明强干，有胆有识。