皇帝听了徐霞客的治河见解以后，他认识到：河道的敝坏已经达到极点，进行全面大修已是刻不容缓的事情。只有将黄、淮、运三者看作一盘棋，进行综合治理，才可能从根本上消除河道弊病。
吃完筵席以后，朱由校留着左光斗、徐霞客等人继续讨论问题。皇上直接开门见山的发出请求：“徐霞客先生，朕希望您能入朝为官，彻底解决水患。朕希望您能为朕分忧，为朝廷效力，为天下百姓生计努力。”
皇帝的请求，内心十分惊讶。徐霞客生于万历十四年，到现在他其实只有三十五岁的年纪。也许是因为旅途劳累、风吹雨打的缘故，他的面相比同龄人要苍老一些，但因为长期锻炼身体，他的体魄要比同龄人敏捷许多，正是大干一番事业的好岁数。
十五岁时，徐霞客应过一回童子试，未取得秀才资格，没有功名，还算不得读书人，那时他就断了仕途的念想。他的父母非常通情达理，见儿子无意功名，也不再勉强，就鼓励他读万卷书行万里路，做一个有学问的人。
成年后，徐霞客离开家里，过上了“大丈夫当朝碧海而暮苍梧”的生活。今日，徐霞客有了进入仕途的机会，他却觉得有些无所适从。虽然他跟皇帝讲了一大套地理学的知识，但这并不代表他想成为大明官员，说实话，他已经过惯了自由自在的生活，不愿意为皇权所束缚，他试图婉拒皇上的好意：
“回陛下，草民没有功名，连秀才都不是。平日里草民只是闲云野鹤之人，进入官场，恐怕不能胜任职位，不能完成陛下的嘱托，会辜负陛下的信任。”
“自古伟丈夫烈英雄没有功名的人多得是！大英雄患在事业不立，余事都不足道。先生虽然没有功名，但对地学的认知上，几百个科举进士绑在一起也比不过一个徐霞客。”朱由校用赞叹否决了徐霞客的婉拒。
“陛下，草民没有那么高的志向，草民只是想做一个云游四海之人。”徐霞客说出这话的时候，就后悔了。不应该拒绝皇上，他也不知道他哪来的勇气说不。他抬头望望，皇帝并没有生气，只是在沉思。
“朕明白了，你想把所有时间都用在远游天下山水。可是你已经去了那么多的地方，朕相信你也看到了现在世道不太平，一个不太平的世道如何能放心远游呢？三年，朕就需要你效力三年，三年一到，不管水患解没解决，你都可以继续你的旅程，朕绝不拦着。希望你能答应朕的请求。”说完，朱由校一直注视着徐霞客的眼睛。
“草民愿意为皇上效劳，解决黄河水患。”徐霞客也知道不能再拒绝了，再拒绝就要掉脑袋了。
“好，只要你认真做事，协助左光斗整顿好河防，三年一到，你可以选择继续待在朝廷做事也可以巡游天下，朕说话算数。你出门在外花销巨大，朕还要给你提供一些银两上的资助。”
“谢陛下，草民谨遵圣喻。”
“徐霞客，你家里还有亲人么？”
“回陛下，家中的老娘还健在。”
“朕会派人把你1娘接到京城照料，朕会把她当做家里的老人来照顾。这样你即使后来远游的时候，也不必担心家里的安危。”
“谢陛下，陛下皇恩浩荡，让草民感激涕零。”徐霞客跪在地上谢恩。
“好了，起来吧徐霞客，不要在自称草民了，你现在是我大明朝廷的官员了。”
“是，陛下。微臣知道了。”
朱由校很高兴，他今天收获一位民间的人杰。这样的人杰真是可遇不可求啊！不过毕竟徐霞客没有在官场上待过，朱由校把他安排给河道总督左光斗当副手，协助左光斗办公。随后皇上询问左光斗这些天在忙什么，有没有什么要紧事需要汇报。
徐霞客跟皇帝讲得多是治水方法，左光斗汇报给皇帝的是一部分水灾成因——**。万历后期河工长期缺乏有效的管理，沿河官吏懈怠、夫役逃亡，致使大堤无人防守。不仅如此，大堤还常遭到人为的破坏：
南来北往的商贾船舶为了逃避运河沿途的关税，经常偷偷地掘开高堰大堤，从湖中顺流出清口，可以省下不少费用，获得很大的利润；沿河拥有大1片土地的豪强地主们则不顾百姓的死活，经常盗掘河堤，引水灌溉，一旦所掘之口控制不住，就会引起整段大堤的坍塌，严重地威胁着沿河居民的安全；另外，无业游民和贫苦夫役为了谋求生计，也经常盗取筑堤用的木板、木桩等进行贩卖。
各地区因本地距河湖远近不同，也总是根据本地的利益，或者堵闭政府所修的水闸，或者私自启放闸坝放水浇地，并不遵守朝廷的河防规章。左光斗一个月前派人堵塞河堤缺口，当地人却聚众驱逐夫役，不让施工，地方官不但不加约束，反而以需要上报朝廷等候批复为借口，命令暂停堵决工作。这种地方保护主义导致黄、淮、运三河无统一的规划，常常是此地手艺而彼地遭灾。
皇帝听了以后，心里非常愤怒。他跟左光斗讲：“你把聚众闹事，阻拦河工施工的刁民告诉朕，朕回京以后让许显纯来好好处理一下。”
“陛下，不必动用锦衣卫吧！”
“左爱卿放心，朕会叮嘱许显纯让他不要冤枉好人，滥杀无辜的。左爱卿也可以帮朕盯着一点，他有什么错误，你大可写奏章弹劾他。”左光斗听完皇上的许诺，放心了不少。
左光斗又跟皇帝讲了昨天回来的路上，遇见