第一章所以说这其实就是变相的大纲遁……才怪~！
几经辗转，在人形数码兽大门大和人形数码兽陆峰的努力下，终于趁彩羽尼奥与梵蒂冈较劲时打破地下基地，救出当初在日本被二次时空晶界“打包”带走的数码兽无数。
原本坐看彩羽尼奥在人多势众的梵蒂冈天使大军下吃瘪是件不错的美事，却没想到逐渐失去各国支持，丢掉“救世主”外衣的彩羽尼奥再次走上众反派的老路。由一个二逼boss开始向着普通boss转变，悍然仗着自己的时空晶界技术，想要占领全世界。
由此陆峰不得不重视起来，技术宅可向来是毁灭世界的不二人选。尤其是在得知彩羽尼奥的晶界核心里居然保存着阿卡迪兽的部分程序！彩羽尼奥居然想用时空晶界将阿卡迪兽“复活”！
决不允许！
虽然一直想着回到数码世界，但其实地球对陆峰来说还要更为重要。换做刚穿越到数码世界的陆峰，让他在地球和数码世界之间选择，他一定会毫不犹豫地抛弃地球，心里还大喊：当然是拯救数码世界啦！人类世界关我屁事！你们想怎么破坏就怎么破坏好了，不用给我面子！
但在数码世界一次又一次破灭的现在，暴君国度都时常风雨飘摇。陆峰的心也累了，那点可怜的坚持早已随风而逝。更何况地球毕竟是他更熟悉的环境，哪怕这只是某个平行世界的地球。初穿越的隔膜淡去后，这里依然是他生长的地方。
那是一场苦战。
究极混沌兽已经完全被彩羽尼奥控制，大门英的意志再难复苏；西格玛的小丑皇和复活基德兽都不是弱者；更有难缠的变形兽……城崎慎一郎这个半吊子就不用说了。
然而真正让彩羽尼奥展现灭世大魔王风采的，还是他让部下四处搜集的“世界线主角”，就是如阿戈斯兽那样的能够主宰一个世界的存在，虽然远远不能与须佐之男兽、暴君天使兽x、帝皇龙甲兽·圣骑士形态那样的绝世存在相提并论，却也拥有极为不凡的气运实力。
轻易就为彩羽尼奥攻占了除欧洲和东亚外的绝大部分区域。如阿戈斯兽沉睡藤蔓那样方便的能力实在太方便了。
若不是还有一些盟友的话，就连陆峰都要以为彩羽尼奥要成功了。
华原翔的梅克斯真理教，近乎不死的巨鸟兽和伯爵梅路梅克斯兽都可堪臂助。松田启人和沉默寡言的混沌骑士兽、藤本秀人的混沌暴龙兽……音速伽奥伽兽无法进化究极体，但托马和欧洲dats还能运用他们的智慧帮助陆峰。他们集合起来与彩羽尼奥网罗的计算机高手以及投靠他的山木满雄一干人对抗。
有梵蒂冈天使大军的正面牵制，被选召的孩子们四处活动。陆峰和大门大等人抓住机会突袭美国。后期陆峰唯一带在身上的搭档无限加鲁鲁兽伤愈，八神太一的零丸也终于恢复成成熟期后，战斗的天平这才扳过来。就是在这个过程中，陆峰遇到了牧野留姬和依靠暴君天使兽x数码核究极进化的沙古牙兽。
陆峰寻了个机会抓住沙古牙兽，在诸多事情一团糟的压力和无法返回数码世界回到三女身边的焦躁暴戾下，又恼恨牧野留姬不听话地成为自己的敌人，陆峰久违地对沙古牙兽调而教之。
没想到混迹梅克斯真理教的冰恶魔兽仍然贼心不死，再次试图强迫牧野留姬成为它的驯兽师。感应到牧野留姬深陷危机的沙古牙兽只能恳求陆峰放过她，又为牧野留姬求情，希望陆峰能帮它救出牧野留美子。戾气稍减，陆峰最后答应了。沙古牙兽自然重归陆峰“座下”。而在救出牧野留美子后，以牧野留姬的傲娇性格怎么会“白白”接受帮助？于是陆峰顺势提出了关于女仆的要求。
战斗中出乎意料的是，在天使军团被彩羽尼奥的各种规格外手段压制后，梵蒂冈居然多出来了一个光明圣女的职位。这个职位的人选让大家吃了一惊——八神嘉儿！
也算意料之中，头顶光明徽章，周身星光缠绕的八神嘉儿的确不负圣女之名。那张源自恒常性的无机质面容仿佛亘古不变，部位任何事物动容，当八神嘉儿与一连串白袍人缓缓走过圣彼得大教堂，天使从天上降下七彩的光澜……这一切都好似一幅神圣的图卷。
对此八神太一勃然大怒，几乎单枪匹马杀到梵蒂冈。他留下守护家人的钢铁加鲁鲁兽也被八神嘉儿带走。有了光明圣女的天使大军凶威陡升，终于与彩羽尼奥斗了个旗鼓相当。
但考虑到阿卡迪兽“复活”的可能。陆峰还是绞尽脑汁，经过一番复杂地“声东击西”、“调虎离山”等等之计后，偷入彩羽尼奥的核心基地，击破时空晶界的核心程式，算是暂时断绝阿卡迪兽复活的可能。撤退中顺手将牧野留美子带了出来。
之后的战斗双方基本势均力敌，彩羽尼奥最后揭穿了梵蒂冈沦为数码兽傀儡的事实，双方顿时陷入相似的孤立境地。不过梵蒂冈数千年信仰积淀，总还是有许多相信的人。最后双方在恒常性的幻境空间一场大战，让陆峰补刀的愿望落空。
波及整个地球的一场动乱就此沉寂。彩羽尼奥的“世界线主角”们吐出了地球上的地盘，天使们也据说回到了上帝的居所九重天上……才怪！陆峰估计恒常性很有可能是发现数码世界有脱离人类世界的趋势，这才急急忙忙退走。而彩羽尼奥则明显是被坑了一回。
在彩羽尼奥败退前，彩羽丽就被藤本秀人保护了