等到李傕、郭汜等人率军西归，抵达陕县时，才得知牛辅已经死了，众人群龙无首，失去了依靠，一时间，不知道如何是好，想要各自散去。
最后，李傕派人前往长安，请求朝廷能够赦免他们，王允以“一年之内，不可两次大赦天下，”为由，拒绝了李傕等人的要求。
这下，李傕等人更加恐惧，准备丢下军队，各自逃走。
就在此时，同在军中的贾诩说道：“诸位若单骑逃亡，那么到时候一个亭长就能将你们逮捕。不如我们率军攻打长安，宣称为董公报仇。如果成功，就可以掌控朝廷，如果打不下长安，我们再逃亡也不迟。”
李傕等人不过是一时间没了方向，现在听了贾诩的话，全都反应过来，众人歃血为盟，西进长安。
王允得知李傕进军长安，居然派了凉州豪强出身的杨定等人去找李傕质问。但是，王允又不给他们好脸色。他愤怒的责备杨定等人，说道：“这群从关东回来的鼠辈，到底想干什么！你们去给老夫问个究竟。”
杨定等人前往陕县见到李傕后，将长安虚实尽数告知，更劝李傕进兵。
王允随即派徐荣领兵讨伐李傕，徐荣手下人马，也有大量凉州人，他们给李傕、郭祀通风报信，徐荣不敌战死。
至此，李傕合各路凉州人马，众达十余万之多，将长安团团包围。
王允令吕布负责守城。郭汜在城北，吕布领兵开门，直奔郭汜，说道：“且却兵，但身决胜负！”
于是，郭汜、吕布两人单挑，不过数合，吕布以矛刺伤郭汜手臂，郭汜的护卫骑兵立即上前，救下郭汜，双方各自罢兵。
长安是坚城，西凉军一时无法攻克。围城第八天，吕布军中的叟兵叛变，打开城门，引李傕等人攻入城内。
叟兵者，蜀中兵也。
措不及防之下，吕布不敌凉州军，长安城中大乱，百官多避兵锋。太常种拂挥剑而出，说道：“我身为国家大臣，不能止戈除暴，致使逆贼攻打皇宫，我还能往哪去！”
最后，种拂力战而死。
和他一起战死的，有太仆鲁旭、大鸿胪周奂、城门校尉崔烈、越骑校尉王颀等人。
长安城内，吏民遇难者，多达万余人。
吕布败逃之时，驻马青琐门外，招呼王允道：“公可以跟我一起走吗？”
王允道：“若蒙社稷之灵，上安国家，吾之愿也。如其不获，则奉身以死之。朝廷幼少，恃我而已，临难苟免，吾不忍也。努力谢关东诸公，勤以国家为念。”
见到王允不肯走，吕布只得自己跑了，他率领了数百骑兵，把董卓的人头系在马鞍之上，从武关逃出，直奔荆州南阳郡，投奔袁术去了。
李傕、郭汜等人攻入长安城内，亲自前往宣平门，将城楼团团围住。见到天子的仪仗之后，李傕等人下马，伏地叩头，然后质问王允，说道：“董太师到底犯了什么罪，以至于身死族灭？”
王允无奈，走下楼来，反问李傕等人道：“我不曾作威作福，而将军你却如此的放纵大胆，举兵攻打皇城，你们到底想干什么！”
李傕答道：“董太师是忠臣，天日可鉴！却无故被吕布所杀，我们是为了董太师报仇雪恨，诛杀吕布，不敢做叛逆之事。等董太师的冤仇了结，我们自然会去廷尉那里领罪。到时候，朝廷有什么惩罚，我等绝不敢有二话。”
次日，朝廷再一次宣布大赦天下，这一次大赦天下包括了西凉军。至于什么“一年之内，不能两次大赦天下。”之类的话，早特么没人提了！
李傕以胡种为司隶校尉，接替黄琬，与廷尉一起给董卓píng fǎn。
第一个倒霉的就是黄琬，首先被定罪，然后灭族。
左冯翊太守宋翼、右扶风太守王宏，都是王允的太原老乡，王允也真够“举贤不避亲”的。
李傕担心先杀了王允会引发他们叛乱，于是以朝廷诏令征召此二人返回长安。
王宏知道长安不能去，便去了就回来不了。他去找宋翼商量，想要一同起兵反李傕，而宋翼不敢违抗朝廷诏令，拒绝了王宏的提议。二人一返回长安，李傕就将他们押至廷尉受审。
最终，二人和司徒王允一同被定罪、灭族。
李傕将王允及其族人、同党在长安集市上斩首示众。
王宏、宋翼也被压至刑场，王宏临死之前，大骂宋翼，说他是“竖儒，不足议大事！”不止。
左冯翊的郡功曹游殷，随宋翼一同前往长安复命。他本来和王允并无瓜葛，然而胡种与他有仇，顺手把游殷也给定了个死罪。游殷死后一个多月，胡种也病死了。关中人都传说胡种重病之时，见到游殷的鬼魂前来索命，大叫道：“伏罪，伏罪，游功曹将鬼来！”
吕布跑了，李傕颁发下通缉令，向全天下通缉吕布。
李傕派樊稠前往郿县，将董卓的尸体残骸灰烬搜集来，放入棺木中将其风光大葬。不料，下葬后不久，天降暴雨，引发洪水将董卓坟茔冲毁，乃至将棺木冲走。李傕素来迷信鬼神，见到老天爷都不让董卓入土为安，只好为董卓设置灵位供奉。
李傕、郭祀等人，说是给董卓报仇，但也是有选择的，皇甫嵩杀了董卓全族，但是因为他在凉州的威望太高，李傕、郭祀没人敢动他。反而以天子的名义，拜皇甫嵩为车骑将军，以示拉拢之意。
可怜皇甫嵩，打黄巾军时，出生入死，转战了半个天下，才混了