没有骑兵，更没有弓兵，在只有白刃战的战场，彰义队的技能万岁冲锋使得尊幕派一方兵败如山倒，全军尽万名步兵顷刻间全部奔溃，大量溃军从上野天守后方城门逃出，向四国岛内的本能寺方向逃窜。
不过在此之前，尊幕派的家族家臣与族长等并没有逃窜，而是被彰义队逼入了上野天守阁中，在顽强抵抗了近半个多小时，当长宗我部家族的族长被逼切腹自尽，伊达与北条两家族族长依次被彰义队切下首级，绝望的尊幕派其它家族族长用大火点燃上野天守让其在众人眼中，化成“火焰山”之时，上野天守一战也接近了尾声。
此时港口外进行海战的尊幕派士兵在见到上野天守沦陷后，除了安宅船内的水手外，其余大部分幸存的都将手中的武器丢下向日不落一方投降，至于安宅船上的那些尊幕派武士则被涌入的毛利水军与日不落水手屠戮至尽，当最后一艘原尊幕派的安宅船顶插上了日不落三狮旗时，四国岛争夺战中决定性一战——上野之战也以日不落一方的胜利画下了句号。
此次日不落一方在海战方面，共歼灭尊幕派反击军全部海军，俘虏了25艘小早、13艘千石船、8艘关船、4艘井楼船与6艘安宅船，同时还俘虏了2000多名尊幕派擅长海战的足轻与武士，并歼敌士兵4000多人与损毁50多艘敌方战船；相对应的日不落海军也损失了800多名水手、4艘霍克突击舰与7艘加列战舰，毛利水军则损失了近1000名足轻与武士，而十几艘千石、小早船，而中型战船与重型战船则由于并与敌方同等级战船对战，仅仅是于敌方轻型战船对战的原因而没有出现损失。
不过日不落一方此次参战的所有船只都受到了不同程度的损失，尤其是一艘霍克加战舰，在检查维修中船匠们发现其龙骨已经出现了裂缝。而其余大大下下船只船上、甲板、船帆的等部位都出现了损坏，这些战舰加起来没有十天半个月估计是修不好了。
相对于陆战方面，此次日不落一方因为尊幕派的算计，而牺牲了近万名海族战士，其中包括2000名娜迦与7000多名鱼人战士，彰义队是在战斗进入到尾声时才加入战场，所以并没有出现什么伤亡，在战斗中战死的连50人都不到，不过却因为尊幕派那些绝望的家族族长将山野天守阁点燃做法，使得许多没时间逃出来的彰义队队员死在了火海之中，据战后统计战死的与因致命伤导致以后无法参与战斗的彰义队多达百人，彰义队也在此战后瞬间减员10分1。
而万人的损失则换取了尊幕派一方1.5万足轻与1万武士的阵亡与投降、5000多名足轻向本能寺方向溃逃与尊幕派所有家族高级成员的阵亡。但如此战绩还是让孙林感到不值，尤其是在孙林得知，尊幕派中那3个主力家族的族长并是毛利元就这种级别，也就是说所谓的长宗我部家族族长并不是长宗我部元亲，而伊达家族族长也不是伊达政宗，北条家族族长更不是北条氏康后，更是觉得上野之战虽然胜利，但也亏了，单单是那3000多名娜迦战士战死或是因重伤导致以后无法参战，孙林就心疼了好久，跟别提对方还拉了6000多名鱼人战士垫背。
由于人员伤亡过大，再加上孙林手中的士兵大部分都是水军，并不擅长陆战，而上野城内的居民与周边地区民众需要毛利家族的士兵来安抚，孙林并没有下令追击那逃跑的5000名尊幕派逃兵，而是率军进驻上野天守，一边休养生息一边修复上野城。
而在4月29日与30日之间，孙林以此受到了来自其它3个四国岛城池的消息，肥前、肥后与岗蒲3城已经被日不落3万陆军占领，初略统计此次日不落陆军共损失近4000人，并消灭了驻防在3座天守中5000多名武士与1万名足轻，但有近6000名足轻逃往岛内。在加上之前上野城逃往的足轻，目前四国岛虽然整体已经落入日不落之手，但四国岛上还是有一支包括本能寺僧人们在内共有1万多名忠于尊幕派的部队的潜在危机存在，尤其是进攻岗蒲天守的日不落陆军将领传回了日向家族长子在家臣的掩护下，逃离至本能寺的消息传出后，孙林更是急忙将毛利元就叫了过来。
“元就，你对日向家族长子逃离至本能寺的情况有何见解。”孙林轻轻敲打着木桌，一脸凝重对着毛利元就问道。
“嗯……………麻烦，日向家族指挥士兵的能力并不强，1万多足轻在其手中充其量只不过是一群乌合之众，对日不落3万路军的威胁并不大，但难点在于四国岛是日向的地盘，强龙压不过地头蛇，而日向那位长子只要有点小聪明的话，就一定会率领1万足轻与我们打游击战，拖到尊幕派援军的到来，而我们现在80的战舰近期都无法参战，到时候尊幕派的援军完全可以随意在四国岛海岸线任何一处抵御登陆，再配合上日向的1万足轻内部开花，到时候四国岛就将失守，而且…………….”
“而且什么？”
“我怕日向家族会利用本能寺的僧兵与我方对抗，神道教虽然并不排斥其它宗教，但对其它并不感冒，如果日向颠倒黑白让本能寺的僧人认为我们要拆毁本能寺改建基督教堂的话…………..到时候不单单是那1000多名僧兵的问题，我估计那些信仰神道教的民众也会加入日向一方，毕竟他们在四国岛这地区经营这么多年，民众更愿意相信日向。”
“确实，本能寺的问题必须解决，我们必须赶在日向