第一小队为中距离联合军分队,主要成员为擅长武器和暗器的忍者,由云隐村的达鲁伊担任队长。第二小队为近战联合军分队,主要负责斩杀敌人,在最前线战斗,由岩隐村的黄土担任队长。第三小队为战斗近中距离联合军分队,主要负责持久战,由木叶村的卡卡西担任队长。第四小队为远距离战斗联合军分队,主要支援前线和后方部队,由风影我爱罗担任队长。第五小队为战斗特别部队,由武士和使用特殊忍术的忍者们组成,武士之国的大将三船担任队长。
除此之外,五影还设立了情报部队,潜入侦察部队,奇袭部队,大名护卫队,医疗后勤部队,感知部队等等,将每一名忍者的能力发挥至最大化。
尽管这样,忍者联军依旧多有伤亡,毕竟能被兜秽土重生出的都是曾经实力数一数二的强者,手段诡异不说,现如今又拥有了不死之身,许多部队的忍者联军都陷入了苦战!