6月中旬,沈葆桢和潘到达台湾。一方面同西乡从道交涉,要求退兵;一方面招募兵勇,修筑炮台,加强军备。此时清政府也有了进行战争的决心。
上谕指示:“沈葆桢等务当与之极力理论,断不可任其妄为,倘该国悍然不顾,亦当示以兵威,不得稍涉迁就,致误事机。”
6月22日,潘持沈葆桢致西乡从道的照会和柳原前光的函会见西乡从道,与之反复辩论。由于日军进展并不顺利,中国战争准备越来越充分,西乡从道已有退兵之意,但心有不甘,因此露出索要兵费赔偿之意。
日军在台湾进展不利,而中国备战方殷。7月日日本政府讨论“善后策”,作出《出师之议》,决定扩大战争,并向陆海军两省下达了备战的指令。
日本立即向诸道征兵,购买兵舰,准备大战。中国也积极备战,在澎湖诸岛建造炮台,在台厦间敷设海底电缆,向德国购置毛瑟枪,向丹麦订购铁甲舰。并不断向台增兵,“一时兵勇骤增,声势颇壮。”
但双方并未放弃通过外交手段来解决问题。日本妄图通过谈判获取胜利果实。7月16日,日本政府派遣外务省四等出仕田边太一来华,向柳原前光传达政府关于对华谈判的要领和须知:“谈判之要领,在于获得偿金及让与攻取之地。”“当以此次机会,断绝琉球两属之渊源,开启朝，鲜自新之门户。”
清政府因“备未实修,未能遽战为虑”,“窃计持之日久,又恐日本兵在番界,乘暇勾结番族,转得固垒深沟,为备我之地”,也想早日解决此事。
7月24日,柳原前光偕郑永宁到天津会见李鸿章。李鸿章严词驳问,柳原前光则一味抵赖。7月30日,柳原前光到达北京,8月7日,柳原前光到总理衙门,与总署大臣会见,以后又多次会见。柳原前光“先递照会一件,则谓台湾生番,为无主野蛮,本不必问之中国。”
总署大臣“随责以台湾生番,系中国地方。”“琉球之事,应由该国王清理。”“生番隶台湾版图,应如何抚绥归化之处,中国有自主之权,应由中国自行议办。”双方相互辩驳,没有结果。
中日间的谈判没有什么进展,两国政府都有些着急。8月5日,日本天皇发布敕语,任命内阁参议兼内务卿大久保利通为全权办理大臣,来华谈判,企图打开僵局,解决中日之间的问题。
9月6日,大久保利通到达北京。从9月14日至10月23日,中日间举行了八次交涉。大久保利通一要中国承认日本进攻台湾是所谓“义举”,二要中国赔偿兵费,开口要价二百万两。
清政府只求日本退兵,而不论是非曲直,甚至“不责日本此举不是”,可以出钱,但忌讳“赔偿”二字。最后,由于大久保利通用收拾行装,作出破裂姿态,以战争相威胁;英国公使威妥玛又从中串通、哄骗、恫吓;清**害怕,一味求和,不敢开战，中日双方终于定议。
此中情形,10月31日,总理各国事务恭亲王等的奏折讲得很清楚:“十六十七等日,日本两使臣已悻悻然作登车之计。威妥玛来臣衙门,初示关切,继为恫喝之词,并谓日本所欲二百万两,数并不多,非此不能了局。……臣等权衡利害重轻,揣其情势迫切,若不稍予转机,不独日本铤而走险,事在意中,在我武备未有把握,随在堪虞,且令威妥玛无颜而去,转足坚彼之援,益我之敌。遂告以中国既允抚恤,只能实办抚恤,即使加优,数不能逾十万两。……再允将该国在番社所有修道造房等件,留为中国之用,给银四十万两,总共不得逾五十万两之数,愿否听之。威妥玛旋至该使臣寓所，议论许久,复称抚恤等费数目,日本使臣业经应允。嗣经议立结案办法三条,另立付银凭单一纸。……今则明知彼之理曲,而苦于我之备虚,……不能不姑示羁縻。”
1874年10月31日,中日两国在北京签订《北京专条》,规定:“一、日本国此次所办,原为保民义举起见,中国不指以为不是。二、前次所有遇害难民之家,中国定给抚恤银两,日本所有在该处修道、建房等件,中国愿留自用,先行议定筹补银两,别有议办之据。三、所有此事两国一切来往公，文,彼此撤回注消,永为罢论。至于该处生番,中国自宜设法妥为约束,以期永保航客不能再受凶害”。《会议凭单》详细规定了付银办法。
签约次日,大久保利通离开北京回国。日本天皇遣使赴台湾,诏敕班师。12月,西乡从道率兵回国。
……
闹剧，这一切在吴可看来都是一场不折不扣的大闹剧！
就在日本人找茬的时候，他再次调任两江总督，执掌两江军政大权。
以他的功勋，就算调任京城作为领班军机都够了，只可惜刚满四十岁的他，年龄实在太小了一点。
经过十来年经营，整个两广几乎被他建成铁桶一般，换了新任总督没他的暗中支持根本就玩不转。所以朝廷的调令到来后，他也没玩什么花样直接应下，而后收拾收拾便赶到金陵赴任。
再任两江总督，摆在他面前的头号任务，便是给身处西北战场的左宗棠部楚军筹集军资粮饷，目前放眼整个大清也只有他有这个能力，北洋大臣兼直隶总督李鸿章都得靠边站。
日本人狼子野心折腾的时候，作为大清有数耕疆大吏吴可也发表了意见，认为朝廷应该强硬以对。按他的说法就是，面对小小的藩属国朝廷都没底气强硬的话，以后还怎么面对列强压迫？