还没等惊愕的杨林反应过来质疑呢，突然间不知道从哪里打来了一发黑枪，目标竟然是他。那人在看到他会因为来不及躲闪而送命时，居然大喝一声跳起，将他往大厦下面的一层楼层的窗户扔去，同时自己则因为躲避不及，被那一颗在关键时刻转了弯的子弹，准准的击中了心口。在杨林惊愕的眼神中，这位曾是‘墨者’最好刺客却又在刚刚告诉他是他的亲生父亲的男人身子一软便从上百米高的大楼之上跌落下去。
这无疑是林孝智的又一个改动，欧美文化提倡‘以人为本’、‘英雄主义’，所以欧美银幕之上不乏弑父杀兄的恶党、耍横卖强的流氓之类的主角。不过显然在饱受儒家文化几千年影响的亚洲尤其是东亚、东南亚、东北亚地区，一个亲手杀死了自己父亲的人是断然不可能为现在的观众所接受，光是广电那一关就难过去。
好在按照港片一贯的模式稍作修改也不算突兀，虽然连他自己也感觉到了，这么修改比他脑海中的版本失色不少！
杨林越想越感觉疑惑重重，而还没等他反应过来呢，却突然发现身后居然多出了一个人来，正是在之前的战斗中‘受了伤’，而被他安置在数十米外的另一栋大厦内的银狐。
越来越怀疑一切的他干脆开口向银狐逼问起来，却没想到银狐居然承认了刚才中了一枪跌下楼的很可能已经被杀死的真是他的亲生父亲，而银狐也承认了刚才是她开的枪，并且重新把枪口对准了他，直白地告诉杨林隶属墨者的那台据说代表着‘天意’的织布机上，他们父子俩的名字全都在上面。
银狐想要杀了他，而刚刚经历过一场大战，如今又知道了自己竟然无知的沦为别人手中的工具，被人利用间接杀死了自己亲生父亲，尽管从小到大就从未感受过父爱的滋味，但杨林还是既恼怒又悔恨。干脆在银狐的枪口威胁下，一跃从百米高的大厦上跳了下去，人还没掉到楼下呢，便因为身上的伤口失血过多而昏了过去，再等到他醒来时，就发现自己躺在了一件破旧的出租屋内，被一个自称是他父亲好友的老人救了下来。
从老人那里得知了一切的真相，同时也知道了‘墨者’这个存在了数千年的杀手组织，自诞生之初便借‘天意’，暗杀了一个又一个的嗜杀成性的恶人、残忍的军阀、暴君与邪恶统治者，原本一直都是个正义感十足的以维护和平跟国家统一为目的的组织，只不过自古以来为了保密，这一真相一直都只有组织的领导者才知道。
但‘教授’却在二十年多前接管了‘墨者’的之后，开始利用其为自己服务，在继续暗杀毒贩、不法者的同时，也为了金钱跟权势残害了不少无辜的生命。而杨林的父亲正是在无意中发现了他的秘密，才选择了退出‘墨者’并开始与教授产生冲突，最终被教授借他之手除掉。
得知了这一真相并且从老人口中知道了他的父亲希望他能作为一个普通人而平凡的活下去，并不希望他为自己报仇或者去跟教授死拼。但心中的正义感以及对自己间接害死了父亲的悔恨，还是令杨林做出了自己的选择，待身体复原之后，准备十足的他便单枪匹马地杀到了‘墨者’的老巢……
电影顿时进入了最高潮的一幕，杨林利用之前在‘墨者’受训时学来的各种战斗技巧，尤其是那据说只有超级刺客才能学会的‘枪斗术’，仿佛开了外挂一般酷炫至极地大肆屠杀‘墨者’的众多杀手们，留下了一幕幕堪称近年来香港最刺激的一幕枪战戏。最终当他当着几名王牌刺客的面揭穿了教授的真面目，却被教授巧妙地利用人性令杨林陷于不利之中。
正当他恼怒之时，却没有想到之前还被他暗恨杀死了自己父亲的银狐，意外地选择了站在自己这边，并用为主角打出了一发最精彩的子弹转弯绝技，不但杀死了似乎意动准备继续站在教授那一边的几位墨者的王牌刺客，同时也埋葬了自己，为过去自己误信教授而可能杀死的那些无辜之人赔上了自己的性命。
……