数十年前，东瀛昭成天皇野心勃勃意图吞并中原，但其自负的完美一招在步惊云和无名两人面前相继被破。天皇功败垂成，无颜回东瀛故土，遂切腹自尽。中原皇帝遣人将其遗骸锁于石家堡的灵天宝塔之内，以掣肘倭寇勿再犯中原。十多年过去，其子昭武天皇神武一夫携“东瀛第一刀”皇影等一众东瀛高手秘密潜入中原再闯神州，意欲将父亲遗骸迎回故土。
无名对于神武一夫颇为敬佩，暗中将昭成天皇的遗体安葬。等到神武一夫来到中原之时，无名将天皇的遗骸交予了现任天皇神武一夫，避免了一场中原浩劫。为了感谢无名等人的恩德，神武一夫发誓自己终生不得进犯中原。在中土的时光里面，昭武天皇和一中原女子相恋结为连理，并生下一子，天皇给孩子起名连城志，意思就是中原和东瀛迟早练为一家。
不久以后，天皇便回到了东瀛之中和一个早有婚约的皇族之女成婚，谁料多年以来从未生下一子。这使得大量的野心家开始活动了起来，宣扬天皇乃是中原人假冒的并发起了叛乱。但是，最后却被天皇以超凡的武力率领大军镇压下去。但是因此，很多藩王怕日后人心涣散，暗中投靠东瀛之中最新崛起的门派隐剑流。
神武一夫见朝中忧患，未免人心归附隐剑流，便决定公开向朝中说明自己仍有一子留在中原武林，并非后继无人，于此同时朝中留有叛党，将讯息秘密透露给隐剑流。遂隐剑流派出大批高手人马前往中原武林抓捕此子，以日后可以要挟皇族中人听命于他们。神武一夫马上传信给自己的至交好友无名，无名收到神武一夫的讯息马上让聂风和步惊云找寻连城志。
但连城志自幼体弱多病，七岁那年，因为一场大病失去了性命。松本岗无奈，只能找一个和连城志长相差不多的七岁孩童，请来神医替他将皇者之骨刻划在这个少年身上。
连城志的下落被早已经潜伏在中原的隐剑流弟子所知，马上便有大量的忍者去向了连城志所在的地方暗杀连城志。松本岗等人为了保护连城志死战身亡。此刻，步惊云也遭遇了大量的隐剑流弟子，步惊云一人苦战隐剑流弟子，杀死无数隐剑**英好手。
步惊云前往皇城欲救出被困皇城的连城志，皇上派出来自“逆剑宗”的逆剑五祖，与雄霸的师兄，集三绝于一身的雄武。雄武败于步惊云，却帮助步惊云救下被俘怀灭后离开。聂风出现，风云合璧击败逆剑五祖。皇帝亲自前来抵御风云，关键时刻，风云不约而同宁伤彼此，不伤皇帝，获取皇帝信任，救得连城志。
步惊云发现连城志根骨清奇，乃是一代的练武奇才。步惊云起了爱才之心，收连城志为徒并悉心教授连城志武功。步惊云护送连城志回到东瀛，即遇各路反叛势力围剿。步惊云、连城志被天皇秘队“落幕村”人所救，村内“渡星流”挑战步惊云，结果不言而喻。连城志成功进入藩王大会，逼迫藩王一众签字，成为东瀛新天皇。
隼人以万道森罗操控山鹿，一齐夹击步惊云，步惊云强攻之下不堪重负，隼人使出玄阴十二剑，