在大明军队里有着良好的卫生习惯，朱有孝从开始在军校讲授瘟疫课程的时候强调了这些事情，所以士兵们从来不喝生水，如果实在条件不允许，也要把水过滤以后再饮用，这是最后的卫生底线。
明军随军配备的最简单的清洁物资是明矾，再是一定数量的生石灰，明矾的成本相对高一些，而生石灰这种东西随处都可以找到，在大明生石灰是最常见的建筑材料，只要有石灰石的地方，都会烧出生石灰，算再大明的军队里面，也有不少的士兵懂得这些基本的常识，会烧制生石灰。
现在瘟疫即将要发生，大顺侯国自然要准备大量的生石灰来预防环境卫生。于是便首先在莫洛纳亚河东岸开始，每一处军营周围都洒下了大量生石灰，必须要保证军队的战斗力，接着才是各个定居点周围保护居民不受瘟疫的感染。对于瘟疫的传染，预防工作是最主要的，如果发生了瘟疫再想法控制，那是非常麻烦的，肯定要付出不菲的代价，李鸿基的参谋们制订了严格的预防措施。
首先是在重点区域大量喷洒生石灰，将瘟疫的发生降低到最小程度，其次是要求居民必须饮用开水，任何人不得在野外使用生水，还有是餐前便后必须洗手，而且必须用肥皂吸收，为此李鸿基不惜免费大量发放肥皂，然后是实行戒严，将领地内划分为不同等级的防范区域，采取各种级别的防范办法，尽量防止瘟疫的发生。
在和瘟疫区交界的地方，李鸿基建立了大量的隔离点，这些隔离点的防范措施级别最高，无论是群体卫生安全，还是个人卫生安全，都是防范最高级别。凡是新近过来的流民，必须居住在隔离点，经过一定时间的观察之后，才可以进入普通定居点。
在药物使用，大顺侯国调来了大量的药材，像金银花、板蓝根、蒲公英、雄黄、硫磺等，除了饮用药制剂预防，还用药熏蒸居住环境。
大顺侯国的预防措施起到了明显的作用，除了极个别的边界隔离区发生了一些传染病人，定居点在严格的预防措施下，没有发生一处，安然渡过了这次瘟疫的流行，让所有的民众都感到了大明的安全。
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