洪承畴当然不会让袁崇焕失望的，这家伙是进士出身行武职，自然足智多谋，见到半个时辰也没有打下城门，就在城四周转悠，终于在东门和北门之间找到了破绽，他发现叶尔羌城的土炮藏的比较隐蔽，迫击炮炸不开城门，也炸不开城墙，但是土炮却不能移动。于是他命令两千步骑兵绕到这里，用击发枪清理城墙上的敌兵，在五十丈的范围之内城墙上不能站起一个敌兵，然后命令步骑兵冲到城墙下面挖出一个小地洞，虽然都是石头，可也禁不住人多，终于还是挖到了城底下一丈深的地洞，接着命令爆破兵将所有*全部放了进去，接出引线，等到到了安全距离之后点燃。
因为洪承畴是就此一搏的心态使用*的，他也不知道具体威力有多大，就只见惊天动地的爆炸声过后，城墙出现了一段十丈宽的大坑，砖石都不知道飞了多远，然后两千步骑兵迅速冲进城里，护住缺口、填平道路，给后续的骑兵让开道路，这次因为时间紧迫，洪承畴也顾不得伤亡了，让骑兵迅速进城，顺着大街快速冲杀，步骑兵随后跟进清理残余。还别说这次洪承畴还真是做对了，叶尔羌城的士兵大部分都在城墙上防守，见到城破了，就纷纷下城向这里涌来，骑兵队步兵，根本就是屠杀。打开东城门，李鸿基的骑兵快速顺大街占领其他的三个城门，叶尔羌城连开城门逃跑的机会也没有了。
郝永忠进了城之后，带着骑兵绕着城墙根是啥了一圈又一圈，直到再也看不到一个活人，然后带兵冲向了汗府，这里的卫队早就保护着阿卜杜热依木逃跑了，郝永忠就让士兵把这里乱七八糟的人都看管起来，本来想立个头功，结果很郁闷，更郁闷的是，不大功夫李鸿基就押着阿卜杜热依木去见洪承畴了。
看着被押得的阿卜杜热依木，洪承畴问道：“李鸿基，这人是谁？”
其实从衣服上完全能认出这人是谁，李鸿基很聪明的答道：“不知道，一直不投降，杀掉算了！”
就这样，两人谁也不愿意立功，悄悄的就把这家伙给杀了，这时郝永忠也过来见礼，洪承畴想起于阗城的事情，看了看二人，咬咬牙：“屠城吧！”
“什么，还有人反抗，凡是反抗的一律格杀。”二人心领神会，都他妈是嗜杀之人。
血腥的黄昏，到处一片哀号。郝永忠、李鸿基二人重新回到城中，告诉士兵可以格杀无论，其中的暗示不言自明，两个时辰以后，除了年轻的女人以外，其他的全消失了，然后就是清理这些尸体，忙活到半夜才算完工，再去休息。
第二天早晨天刚麻麻亮，洪承畴整顿人马，留下刘宗敏带三千守城，其余的全部去会和袁崇焕。却说袁崇焕带着步骑兵依靠简单的工事和优势的火枪、手摇机枪、迫击炮,大量的杀伤着进攻的叶尔羌汗士兵，虽然有首领在后面压阵，这些被洗了脑袋的士兵也是悍不畏死，但这并不代表他们不死，一天的进攻下来就将近两万人。第二天早晨一起床，还没有吃早饭呢，这些不怕死的悍兵就开始了第一波攻击，袁崇焕指挥着明军沉着应战。就在战斗最激烈的时候，洪承畴部从叶尔羌汗国士兵的后面杀了上来，这面的士兵很快就溃散了。袁崇焕趁机将五千骑兵交给洪承畴，洪承畴也不客气，以郝永忠、李鸿基各带一队人马，朝两人相反的方向两边齐动，有一种横扫千军如席卷的气势，不到两刻钟的时间，叶尔羌汗国士兵就彻底被冲击垮了，到处都是四散的失去控制的散兵。
这些溃散的士兵不都是骑兵啊，往沙漠里跑只有死路一条，但是也只能往哪里跑，明军就在后面死命的追击，一直把他们赶到了沙漠的深处，生死由命去了，让后收兵直达叶尔羌城，稍加休息，填饱肚子，留下一万人袁崇焕自己守城，顺便清理残敌，其余的有洪承畴率领就杀向喀什。喀什城的士兵已经被抽调一空，面对来势凶猛的洪承畴，它就像一个被tuō_guāng的少女，根本就没有任何抵抗能力，就算城墙再高大，没有士兵也一样得失败。喀什城里居住的多是工匠和富商，洪承畴一点也不客气，仍然是屠城，除了里面的汉人、羌族人，其他的族裔除了年轻的女人留下，其他的一概杀死。羌族人也是汉人的一个分支，和汉人一样的血统，是大明朝的子民。
洪承畴的屠城政策吓坏了叶尔羌汗国的军民，强悍的战斗力量让人望而生畏，接连失去几座重要城市的叶尔羌汗国人，彻底对洪承畴产生了畏惧心，附近的大小城镇里的居民纷纷逃离。当袁崇焕再让洪承畴出兵征服阿克苏城的时候，阿克苏就剩了一座空城，里面的人不管男女老幼全部早就弃城而逃了，包括曾经被赶进大沙漠里逃得了性命的。他们逃跑的方向就是天山深处，至于能不能出去就不是别人考虑的了。
经过袁崇焕的西域战役，尤其是洪承畴的残酷杀戳，在南疆的***教势力基本上被根除了，剩下的除了信仰佛教的蒙古人，剩下的就是汉人、羌人、以及朱有孝认可的是女娲造人时扔得较远的原著居民，比如土谷浑人。总而言之吧，朱有孝的民族主义观念非常强烈，这些人都算他认可的炎黄子孙。
大的战役已经结束，剩下的就是围剿残余的漏网之鱼，现在已经到了深秋的季节，马上就要进入冬季，在寒冷的季节里枪支的使用受到限制。朱有孝下令暂且停止进行新的战役，开始对新的统治地域