从崇祯三十年三月份开始，在新的内阁首辅还未确认之前，大明新的朝廷机构就已开始全面改组。
工部细分为帝国工业部、农业部、水利部、交通部。
户部细分为帝国财政部、工商部、帝国经济改革委员会。
帝国经济改革委员会是朱由检特别提出的一个机构，目的自然是方便帝国干预市场经济。
毕竟即便在二十一世纪，也无法取缔官府在市场经济危机中的作用。
委员会负责人自然也同尚书官衔。
吏部细分为帝国组织部、人力资源与社会保障部，前者负责官吏升降与录用罢黜。
后者则是负责统筹帝国人力和安排帝国各等级公民之福利待遇与义务。
礼部则细分为帝国教育部、外交部。
兵部则细分为国防部、警务总部，前者负责国防训练与国防教育与国防力量统筹。
后者则负责地方治安管理以及刑事案件侦破。
如此一来，帝国内阁管理的内政部门便由五个部门增加为十二个。
同时，每个部内部还得增加若干司，且朱由检规定除尚书只有一个外，侍郎继续不限定数量。
不过，内阁阁臣将不再兼任各部尚臣统管若干部。
当然，也有内阁大学士只统管一个部的时候，具体划分由内阁首辅决定。
中央朝廷增加部门，增加官员数量，增加行政成本与行政力量。
地方自然也要相应增加，从州县到府再到省，皆增加专门机构，甚至正堂官与佐官的分工也有些变化。
总的而言，帝国官僚机构与官员数量急剧增加。
这与很多国家的改革有很大的不同。
毕竟大明原本是一个低成本行政管理的帝国，相比于前朝，官员数量实在太少，如今增加的行政成本相比于之前养士绅增加的成本要少不少，这样无疑有利于中央集权，用更多的帝国官员去代替地方士绅管理地方。
大元帅府则用不着改革机构，因为它本就是朱由检参照近代军制建立的军事指挥机构。
“虽说从政治战略上来讲，大明目前的主要目标依旧是彻底铲除建虏余孽，但现在建虏余孽远在西域，在西域和大明之间还有很多政治势力，甚至不乏强大的政治势力，大明要远征建虏明显是不划算的军事战略，是对国力的极大浪费！”
“所以，微臣以为帝国应该依旧实行步步蚕食，移民与筑城修路同行的改土归流总战略，而且战略方向依旧是先北后南，帝国陆军无疑比帝国海军更加成熟，无论是战术指挥上还是武器装备上以及单兵素质上，先扩大陆上疆域无疑是最有经济效益的拓张！”
大明帝国大元帅府参谋总长李岩在军事会议上如此对朱由检和大元帅府其他高级将领说道。
但这时候，大明帝国大元帅府海军部总长刘孔昭发表了不同意见：
“为什么还是先北后南，北边除了政治意义大毫无经济意义，不是草原就是荒漠，气候恶劣不说，开发难度也大，而海疆处处皆是膏腴，最多热了