1645年3月中旬的日子在烟台堡内的东岸人看来是乏善可陈的。
城外的清军拿他们毫无办法，他们先是尝试在烟台堡西侧的泥沼区内填出一条通路来，不过后来他们发现东岸人修在烟台堡西南侧的人工水库极大地阻碍了他们的行动，于是他们又想办法将这个水库也填了。
在沼泽区内生生造出一片陆地后，清军一次直接投入了两千人进攻西面城墙，不过被早就好整以暇的东岸人击退。西侧城墙的火力配置只比正面（南侧）少了两门火炮，再配上两个中队的挺身队士卒，清军连攻了两天都没能攻下来，反而在城下遗尸千余具。
在进攻西侧城墙的时候，清军也尝试了从东面取得突破，不过他们依旧在城头火炮，以及海面上两艘武装运输舰一侧加起来12门重炮的轰击下全面溃败。他们甚至都很难在城下站住脚，前后大炮夹击的滋味可不是谁都能忍受的，在尝试着攻了一次不果后清军果断撤退了，并留下了数百具尸体。
3月18日，清军主帅豪格发了狠，清军不计伤亡地从南、西、东三面发起了猛攻。东岸人将挺身队最后的两个中队也调了上来，不过依旧没怎么动用作为主力部队的陆军以及八旗新军。挺身队两千名士兵加上不到200名东岸炮兵，依托坚固的城墙和科学的火力配置将清军规模浩大的攻势彻底击溃，全天清军伤亡逾两千人。却没有取得任何战果，他们甚至连烟台堡的城头都没能登上。
当夜，清军又精选了一些健卒趁夜偷袭，被击溃，遗尸百余具。至此，清军已经围攻了烟台堡十天，所有手段用尽，却没有任何办法。全军上下士气低落，很多人盼望着撤军。
3月19日晨，两艘从利尻岛大修完毕的蒸汽机帆船带来了之前在利尻岛上整训的四个中队的挺身队士兵（11-14中队）。下午。仿佛商量好了一般。前往济州岛的船队也回来了，与他们一起回来的有刚刚结束战斗的挺身队二大队15-18中队一千名士卒、陆军第102连、烟台炮兵连部分官兵、八旗第三营700余人以及2500名军夫。至此，东岸军队已经基本聚齐，战兵计有挺身队两个大队4000人、陆军4个连（含补充连）870人、八旗新军（含补充兵）2400余人、骑兵近700人（含治安队斥候）、野战炮兵200人。总计超过了8200人。其中战斗力较强的部队也超过了5000人。这样的兵力。清军就算使出吃奶的劲也没法打败了，何况他们更应该担心自己后方的安危。
清军的斥候骑兵很快就在外面发现了东岸援兵的到来，他们飞快地将情报上奏给了豪格。听说这帮黄衣贼来了“数千”名援军以及六艘巨舰。豪格也知道这仗再也打不下去了，特别是昨夜济南有急报过来，言满家洞贼兵再度猖獗起来，他们从山洞中出击，四处攻击大清的地方政权、设施以及人员。甚至一些往登州运输粮草的小股运输队也遭到他们的伏击，损失惨重。
数万大军顿兵坚城之下，十天来损兵超过七千，却劳而无功。而对面的东岸黄衣海寇满打满算伤亡不会超过百人，这不得不说是一个极大的失败，会对他的地位产生极坏的影响。但眼下不是考虑这些乱七八糟事情的时候，黄衣贼有大股援军而来，自己是肯定攻不破这座狭小的城池了，那么，现在就应该考虑如何善后了。
虽然一直摸不清楚黄衣贼军到底有多少人手，但大家一致公认他们的战兵数量应当不会少于万人，全军数量多半直逼两万人。这个数字让所有人都感觉到很是棘手，一万战兵能做的事情太多了。豪格敢肯定，只要自己的主力部队撤走，这些黄衣军野战打败个两万余清军根本不是问题。攻城就更是简单了，他们只需将大炮拉到城下，然后便可逐个击破清军分兵驻守的城池，整个登莱二府都没有能挡得住他们的有力部队。那样，山东局势何时才能真正地稳定？
这么一想下来，豪格更是心烦意乱。难道这数万大军就被拖在这里了不成？山东离京师那么近，留这么大股善战的黄衣海寇在此，怎么也说不过去。而更令人担心的是，这些黄衣海寇除了铳炮犀利外，还有数量至少为六艘的巨型炮船，想想我大清停泊在辽海一些港口内的那些小船如何抵挡？若不能抵挡，岂不是任这些黄衣贼纵横海上，到时候这千里海疆处处示警、无一宁日，大家该如何是好？
没人能够回答豪格的疑问。李率泰、柯永盛、陈锦等汉军旗的人不敢说什么，和讬、额孟格、图赖等八旗将领也说不出个所以然，至于董学礼等绿营将领更是没资格说话，整个清军就这样沉浸在一片诡异的气氛中。
就在这样一种犹豫纠结兼患得患失的情况下，清军又围攻了烟台堡几日。不过看其进攻势头都有气无力的，基本都是略有小挫便撤了回去，三天下来也不过伤亡了千余人而已。反倒是他们几次夜袭打得还算有声有色，给东岸人造成了一定的伤亡。
3月22日，清军主帅豪格终于下定了决心，决定停止对烟台堡的攻击，改为长期围困，并在烟台堡以南约四公里的地方开始挖长壕、筑城墙。为了贯彻他的这个意图，他还特别给济南去信，要求山东巡抚方大猷务必及时保证粮草供应，同时也要求他在济南、青州二府大量征发民夫、骡马，往烟台地区输送而来。与此同时，他也派人在登州、莱州地区收集粮草、强征民夫，用来修筑围困东岸人的这座工程