不知是要坚持“真理”，还是要维护自己内阁首辅的权威，杨廷和第二天竟仍然要求朱厚熜以太子之礼入城登基，礼部给出的章程也没多少改动。朱厚熜自然极力反对，并表示礼部如果执意不改变章程，他就拒绝进城。
正在双方僵持不下之际，一直沉默的张太后出面调停了，她下了一道懿旨，让群臣改在行宫中上表劝进，说白了就是让礼部改用迎接皇帝的礼仪，将新君迎接进宫即位。
太后占着名分大义，以杨廷和为首的一众文臣只好作出让步，即日在行宫中上了劝进表，朱厚熜这才同意摆驾进城入宫。之前议定的章程是从东安门入城，在文华殿即位的，不过现在改成从大明门进城，然后在奉天殿即位。
大明正德十六年，四月二十六日，朱厚熜在百官的见证下在奉天殿宣告即位，颁布登极诏书，改明年为嘉靖元年。登极诏书是杨廷和等内阁大臣早就议定好的，长达8800句之多，涉及60多个事项，自然都是些革故鼎新，笼络民心的举措。
譬如：正德年间，由于直言劝谏而被贬降的官员，全部官复原职，死了的便追封加赏后人；正德朝的大小传奉官（不经科举，皇帝直接任命的官员），全部革职；裁减宫中多余的太监，清除军队中冒籍人员；减免赋税等等。
事实上，登极诏书颁布后，光是锦衣卫和内官监便裁减了接近十五万人，大大地节约了财政开支。杨廷和等大臣所拟定的登极诏书，虽然不可说完全没有私心，但绝大部份都是民心所向的举措，所以登极诏书一颁布，顿时大快人心，全国上下齐歌颂新君圣明。
当然，登极诏书是文官拟定的，自然对文官极为有利，而宫中的太监势力却是大受削弱，所裁减的人员有近半以上都是内官各监的太监。
另外，像司礼监太监张雄、东厂太监张锐、御马监太监张忠、宣府镇守太监刘祥等均被关进了大牢待审，就连太监谷大用，还有内官监张永都被下狱了，不过谷大用迎接新君有功，最后免于问罪，被贬去南京守帝陵了。至于太监张永，此人功大于过，曾经又协助杨一清板倒了权阉刘瑾，所以文官们最后放了他一马，同样把他贬到南京守陵去了。
总的来说，这次新帝登基，文官集团大获全胜，把正德朝权势显赫的太监都打掉了，就目前而言，太监集团元气大伤，根本没有力量再与文官集团抗衡。至少在嘉靖帝坐稳帝位，完全掌权之前，宦官集团再无兴起的可能，毕竟他们的主子嘉靖帝现在都得看内阁的脸色行事。
大明正德十六年，五月初五，端午节，亦即是朱厚熜登基的第十天。
内阁大臣和六部尚书全部齐聚东阁，共计有：首辅杨廷和、次辅梁储、三辅蒋冕、四辅毛纪、礼部尚书毛澄、史部尚书王琼、户部尚书杨潭、兵部尚书王宪、刑部尚书张子麟、工部尚书李鐩。另外都察院左都御史王璟，右都御史张纶也到场了。
在场的十二人均是朝堂中枢的大佬，此时齐聚一堂，自然是讨论国家大事了。统共三件事，第一：讨论新君亲生父母尊号的问题。
第二：新君要起用前内阁大臣费宏，还有前翰林修撰费采。
第三：殿试的安排。
其实第二条没什么好讨论的，新君登极诏书便写得很清楚，但凡正德朝由于直言劝谏被贬降的官员，全部官复原职。所以，费宏兄弟回京复职的决议很快就获得通过了。
至于殿试，众人商议了一番，决定在本月的十五日举行。
所以真正耗费时间的是第一条，给新君的亲生父母定尊号，这在视礼如命的封建社会可马夫不得。所以一众大臣各抒己见，引经据典，彼此争论得不可开交。
最后内阁首辅杨廷和一锤定音，他拿出了汉代定陶王、还有宋代濮王继承皇位的例子，主张新君把弘治帝称为皇考，而分别称亲生父母为：皇叔考兴国大王、皇叔母兴国太妃。
换而言之，就是让朱厚熜改认弘治帝为父，称自己的亲生父母为叔叔和婶子，说白了就是把朱厚熜过继给弘治帝为子。
杨廷和引用了汉定陶王、宋濮王两个先例，有理有据，再加上他是内阁首辅，群臣的首领，所以这结果最后没人反对，就这么定下了，接下来就是将结果写成奏本送去给朱厚熜过目。
然而，朱厚熜看到群臣讨论出来的结果，顿时不乐意了，弘治帝是他的伯父，现在变成了他的父亲，而亲生父母却为成了叔婶，小皇帝自然不乐意啦，将奏本打回内阁再议。
如果说之前让朱厚熜以太子之礼登基确实有点过份，但这次让朱厚熜认弘治帝为父，杨廷和认为完全合情合理，更何况有前朝的先例。所以杨廷和这次的态度十分强硬，拒绝再议，把奏本重新呈送回朱厚熜的案头。
朱厚熜为此相当恼火，他对父亲兴王感情极深，当初便在徐晋面前表示过，愿意用十年阳寿换一粒仙丹救治父王，所以现在让他改换父母，他如何能答应？
事实上，这登基的十天来，朱厚熜绝大部分政事都听从了内阁的意见，甚至还配合文官把太监的中坚分子一网打尽了，但亲生父母是他的底线，在这方面他的态度跟杨廷和一样强硬，坚决不肯退步，所以干脆把内阁呈送的奏本留中不发。
所谓留中不发，跟现在所谓的“搁置争议”差多，就是暂时丢下，等几时合适了再拿出来讨论。朱厚熜这做法看似是